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(無題) 削除/引用 No.10727-4 - 2022/08/25 (木) 16:06:15 - おお それと、 No.10727-2 の２で示したのは少し特殊な場合のような気がしますが、pre-mRNA全長ができてからスプライシングが起こるのではなく（TNFは例外として見つかりCellで発表されたと思う）、転写途中のRNAのスプライシングサイトは転写が終わらずともスプライシングされると言うのが昔からある理屈です。ですからTRANSCRIPTSがイントロンを保有している時間は短くpolyA ができる頃にはスプライシングは完了してしまっていてもおかしくない訳です。これもオリゴdTで逆転写してもあまりイントロンが検出されない理由かと思います。

(無題) 削除/引用 No.10727-3 - 2022/08/25 (木) 15:36:45 - asan 少ないかどうかは具体的な比率について議論してる文献を当たってもらうしかないと思いますが、DNAテンプレートがわずかしかないので意味のある処理によって有意な転写量の変化を伴っているならば完全にmatureなものが相対的に多くなるのではないかと思います。 定常状態でほとんど存在しないようなものを無理やり見た場合はまた違うかもしれません。（1 copy/cellにもなり得ないぐらい少ないもの）。 https://www.qiagen.com/ie/resources/faq?id=06a192c2-e72d-42e8-9b40-3171e1eb4cb8&lang=en の計算によると、数の少ないtranscriptは5-10/cell 程度の計算になり得るので、必ずしも相対的に多いとは言い切れない場合もあると思います。 一方でプラクティカルな観点なら、逆転写で全長が欲しいようなケースでは古典的にはoligodTプライマーを使用して行うことが多い＞これは完全長なcDNAを欲しいから、つまり完全長の増幅でないものがrandom プライマーなら生じたり、そもそも質の悪い逆転写酵素なら途中でストールしてしまうようなものが生じる可能性がって5'付近の増幅効率が低下する可能性すらあります。現在の性能の良いものでは問題にならないからoligodTをベースにしたキットが一般的になったのかもしれません。 また、qPCR等のプライマーは多くの場合exonジャンクションに設定するので、仮に一定量pre-mRNAの初期のものが含まれていてもそうしたものが増幅できないようなもので定量していれば概ね外さないとなります。 原理的な話をいうなら poly-A tailがきちんと構造を取れないようなおかしなmRNAは分解される仕組みがあったりもするので、機能的なプロセスに乗ってるものでない限り”ゴミ”が大量に残ることも少ないと言えるかと思います。

(無題) 削除/引用 No.10727-2 - 2022/08/25 (木) 12:51:31 - おお https://rupress.org/jcb/article-pdf/191/1/75/1348890/jcb_201004030.pdf Fig 5とか。 まったくないわけではないんだけどね。 https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1309990110 こういうのも

pre-mRNAと逆転写反応 削除/引用 No.10727-1 - 2022/08/25 (木) 09:36:50 - PN 初歩的な内容で恐縮ですが質問させてください。 TrizolでRNAを抽出し、逆転写酵素によりcDNAを合成していますが、この時、pre-mRNAに由来するcDNAが出来ないのはなぜでしょうか？ 単にmature mRNAに比べて相対的に量が少ないため、無視できるほどの許容量というだけのことでしょうか？ よろしくお願いします。

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