BioTechnicalフォーラム [ベーターアクチンプライマー]

ベーターアクチンプライマー

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No.10722-TOPIC - 2022/08/24 (水) 01:17:57 - おお

ベーターアクチンプライマーってどの配列を使ってますか？
　

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No.10722-12 - 2022/08/31 (水) 11:46:42 - おお

>[Re:11] origeneさんは書きました :
> 10722-3 - nonameさんが唐突に配列を提示されてますが、元ネタはここでしょと思いました。
Got it.
Thanks.

(無題)

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No.10722-11 - 2022/08/31 (水) 09:47:17 - origene

10722-3 - nonameさんが唐突に配列を提示されてますが、元ネタはここでしょと思いました。

(無題)

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No.10722-10 - 2022/08/31 (水) 01:21:58 - おお

>[Re:7] asanさんは書きました :
>
> https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi?ctg_time=1661752308&job_key=_fciNVVvWMd_-V38UJx5ziqHaPwHlHPhBg
>

>[Re:6] PCRさんは書きました :
> >[Re:5] origeneさんは書きました :

>
> 試しにUCSCのサイト（ttps://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr）でIn-silico PCRかけてみたら、はっきり二つアンプリコンでますね。これ良いのかな？
>
>

そういうところでどんなもんかなぁと。いろいろ探しているけどなんか同様のことなどが起きてスッキリしないなぁと。

ちょっとmRNAを比べてたりしてないのですが、避けようがないのでしょうかと、、、アンプリコンの配列が完全に一致していたら見分けようがないですが、それはそれでメルティングカーブが完全に一致するのでその点においては問題にならないでしょうけど。

たしかにInternal controlとしてワークすればいいわけですからそういう意味ではあまり深く突っ込むことではないのかなぁとも思いますが。

(無題)

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No.10722-9 - 2022/08/31 (水) 01:14:17 - おお

(無題)

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No.10722-8 - 2022/08/31 (水) 01:09:33 - おお

>[Re:3] nonameさんは書きました :
> CACCATTGGCAATGAGCGGTTC
> AGGTCTTTGCGGATGTCCACGT

ガンマアクチンが引っかかるんですよね。そういうもんなんでしょうか。
あと
XM_017004835.2 PREDICTED: Homo sapiens POTE ankyrin domain family member F
でプライマーがにかなり相同性がたかいようです。片方が３’から２番目がミスマッチだし、PREDICTEDの段階のものを気にかける必要もないのでしょうけど。

アンプリコンはいずれも１３５bps。

質問するにあたって文献などあさってプライマーを調べてみたところどうもガンマアクチンがひっかかるなどスッキリしなかったので皆さんどうしてるんだろうかと、、、

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No.10722-7 - 2022/08/29 (月) 15:07:18 - asan

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/primertool.cgi?ctg_time=1661752308&job_key=_fciNVVvWMd_-V38UJx5ziqHaPwHlHPhBg

(無題)

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No.10722-6 - 2022/08/29 (月) 13:28:55 - PCR

>[Re:5] origeneさんは書きました :
> ここです
> https://www.origene.com/catalog/gene-expression/qpcr-primer-pairs/hp204660/beta-actin-actb-human-qpcr-primer-pair-nm_001101

試しにUCSCのサイト（ttps://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgPcr）でIn-silico PCRかけてみたら、はっきり二つアンプリコンでますね。これ良いのかな？

(無題)

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No.10722-5 - 2022/08/29 (月) 13:07:45 - origene

ここです
https://www.origene.com/catalog/gene-expression/qpcr-primer-pairs/hp204660/beta-actin-actb-human-qpcr-primer-pair-nm_001101

(無題)

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No.10722-4 - 2022/08/29 (月) 13:05:55 - origene

http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2012/biotechforum.cgi?mode=view;Code=10722
ここの配列と思いますが、世間的にそれなりに大丈夫と認識されているのでしょうか。

(無題)

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No.10722-3 - 2022/08/28 (日) 18:20:37 - noname

CACCATTGGCAATGAGCGGTTC
AGGTCTTTGCGGATGTCCACGT