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Gene studioでアンチセンス鎖をセンス鎖に変換したい
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No.10663-TOPIC - 2022/07/27 (水) 16:03:08 - ぎぎぎ
リバースから読むようにシークエンスに出した生データをGene studioで読み込むと、当然ながら波形や配列はアンチセンスになります。
この波形をどうにかしてフォワードから読んだようにセンス鎖に反転させたいのですが、何か方法はありますか。
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No.10663-5 - 2022/07/29 (金) 10:52:52 - ぎぎぎ
解決しました!ありがとうございます!!!
Fasta形式にするとできました!!!
(無題)
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No.10663-4 - 2022/07/28 (木) 11:48:42 - noname
txtファイルが読み込まないとのことですが、fasta形式の記述がされていないからだと思います。
配列の前に「>(改行)」を入れてあげると読み込むようになると思います。
例)
>遺伝子名
ACGTGATCGTGT・・・・
みたいな表記にしてみてください
(無題)
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No.10663-3 - 2022/07/27 (水) 16:33:09 - ぎぎぎ
元の配列を入れました。
元の配列のファイル形式が.txtなのですが認識されなくてimport出来なかったです。何か別の形式に変換しないとだめでしょうか。togoの動画を見てるんですが、その動画ではtxtでconsensus配列をimportしていて、余計に訳分からなくなってしまいました。すみません。
(無題)
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No.10663-2 - 2022/07/27 (水) 16:14:44 - noname
contig editorで元の配列とアセンブルすると勝手に逆向きにしてくれませんでしたっけ?
Gene studioでアンチセンス鎖をセンス鎖に変換したい
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No.10663-1 - 2022/07/27 (水) 16:03:08 - ぎぎぎ
リバースから読むようにシークエンスに出した生データをGene studioで読み込むと、当然ながら波形や配列はアンチセンスになります。
この波形をどうにかしてフォワードから読んだようにセンス鎖に反転させたいのですが、何か方法はありますか。
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