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(無題) 削除/引用 No.10656-5 - 2022/07/29 (金) 01:18:44 - おお >[Re:4] 999さんは書きました : > 実はこの遺伝子は遺伝性疾患で、いくつかの機能獲得変異が知られています。 > ならばそれらに関してどんな実験で機能獲得をしていると判断されたのでしょうか。そういう実験をもとに系を考えるのが常套手段だと思いますが。 > アミノ酸部位自体は異なりますが、1か所にホットスポットがあるので、機能獲得変異を疑っています。 そう考えるのはわからなくはないですが、今までの機能獲得といえる実験系などである程度立証してはどうでしょうか。それで他の変異と同様ならそれ以上やる意義はどこにあるのか、RNAseqなど今までにある変異体を使った実験と変わりがないと思えるならやる意味があるのか（ないとまで言ってません、ラボで独自にデーターを持っておくという事、いままでの研究の検証などもあるでしょうから）。 まあそういう細かいところをすっとばしてとにかくやるというのも研究スタイルではありますけど、、、

(無題) 削除/引用 No.10656-4 - 2022/07/28 (木) 19:17:25 - 999 実はこの遺伝子は遺伝性疾患で、いくつかの機能獲得変異が知られています。 アミノ酸部位自体は異なりますが、1か所にホットスポットがあるので、機能獲得変異を疑っています。

(無題) 削除/引用 No.10656-3 - 2022/07/28 (木) 00:18:04 - おお 加えますが、タグについては発現させるにあたってその遺伝子産物の抗体で発現量をみて確認できるならない方がスッキリする。

(無題) 削除/引用 No.10656-2 - 2022/07/27 (水) 12:18:26 - おお 答えはないんですよ。 >[Re:1] 999さんは書きました : > おそらく機能獲得変異です。 と言うことですがなぜそう思うのか。思うならどういう機能か大雑把にわかっているということでそこから実験を組む方がとっかかりやすいはず。 > とりあえず手っ取り早いので、変異の入ったGFP付きプラスミドを培養細胞に導入して、表現型を見ようと考えているのですが、こういう時は、Cas9でゲノム上の遺伝子に変異を導入するべきなのでしょうか。 過剰発現して表現型を見る実験はCas9ゲノム編集技術がない頃からやられています。もし機能獲得変異ならゲノムにコードされている正常の遺伝子にはその機能がないことになる。この理屈ならゲノムのほうは関係ないはずだけど、機能獲得変異と言い切れますか？実験に使えそうな細胞種のCell lineなどをリストアップしてあなたの興味がある遺伝子の発現が弱いものを使うてもあるかもしれません。また、GFPより小さいタグのほうがベターだとおもいます。タグの位置もなやみますねえ。 > あるいはパスウェイを見る目的なら、極端な状態を見た方がいいということで問題ないでしょうか。 そういう極端な状態は非生理的という話がいつもつきまといます。とにかく導入して表現型など観察してそれらしいことが起こるか見てみて、その条件で網羅的な解析ができればそちらのほうがいいと思います。 RNAseqよりも、変異、正常の遺伝子を発現させて、Pull downしMS解析でどちらかに特異的な結合パートナーを見たほうが、変異による影響がはっきりするような気もします。

体細胞変異の影響をどうやって、培養細胞で評価するか 削除/引用 No.10656-1 - 2022/07/25 (月) 12:46:04 - 999 癌で見つかった新規遺伝子変異の機能解析を行いたいと考えています。 おそらく機能獲得変異です。 とりあえず手っ取り早いので、変異の入ったGFP付きプラスミドを培養細胞に導入して、表現型を見ようと考えているのですが、こういう時は、Cas9でゲノム上の遺伝子に変異を導入するべきなのでしょうか。 例えば、RNA-seqで遺伝子の発現変動を見る場合は、GFP-遺伝子のプラスミドを強制発現させて行っても、ゲノム1コピーとは大幅にかけ離れているので、あまりよくなかったりしますでしょうか。 あるいはパスウェイを見る目的なら、極端な状態を見た方がいいということで問題ないでしょうか。

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