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(無題) 削除/引用 No.10645-3 - 2022/07/21 (木) 19:59:01 - あの 材料が何なのか、文章からはよくわかりませんが、 そもそも、N=3同士で比較しても、有意差は出にくいのでは？ また有意差があると、統計解析ででても、その結果は簡単には 信用できないのでは？

(無題) 削除/引用 No.10645-2 - 2022/07/21 (木) 16:42:03 - seventh まずはちゃんと転写領域のみにマッピングされていることの確認が必要です。 ゲノムのコンタミ、RNAの分解などが大きいとトランスクリプトーム定量には使えないです。 各レプリケートの相関等をとってクラスタリングしてみてはどうですか？大抵の場合はコントロール群と処理群に分かれます。 そうならない場合はノーマライゼーション等のドライ解析が適切ではない、手技によるartifactのバラツキが大きすぎて統計を阻害している、処理効果が小さいor効いてない等考えられます。 過剰発現というのが内在性のものならそれ自体が検出できるはずですし、他の系でもポジティブコントロールとなる遺伝子があるのでは？ そういうものすら検出出来ないようなら実験系に問題があります。

ある遺伝子を過剰発現させても、RNA-seqの結果が変わらない理由 削除/引用 No.10645-1 - 2022/07/21 (木) 16:22:48 - IED 私の周りで、RNA-seqを行う人が増えています。 各々が別のプロジェクトを持っていますので、細胞種もその細胞への処理方法も違います。 ある方は、ある遺伝子をアデノを使って、過剰発現させていて、ある方は、リガンドタンパク質を加えたりしています。 が、、、ほとんどの人で、RNA-seqで一つもq valueを下回る遺伝子が見つからない状況です。 n=3でやっているのですが、RNA-seqの結果というのはこういうものなのでしょうか。ドライの実験方法は間違っているとは思えません。 差が出やすいような工夫があったりするのでしょうか。

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