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市販の蛍光色素入りDNAマーカーは移動度に影響をうけているか?
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No.1064-TOPIC - 2012/10/27 (土) 14:50:09 - Harmonia
最近、Loading Bufferに蛍光色素(インタカレータ)の入ったマーカーが
いろいろ出てきましたが、色素の種類によって、DNAの単位時間当たりの
泳動距離(見かけの大きさ)に影響は無いでしょうか?
あるなら、マーカーと同じLoading Bufferをサンプルに使うしかない。
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No.1064-4 - 2012/10/27 (土) 23:43:09 - おお
ほかのとぴであがっていました。
http://www.bio-craft.co.jp/topimage/201201a.pdf
おそらくGelRedなどを含めEtBrよりは高価ですからローディングバッファーに入って提供されていない色素でも、節約のためにためされた方はいるかもしれません。
(無題)
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No.1064-3 - 2012/10/27 (土) 16:59:56 - AP
製品としてそういうものがあることは知りませんでした。
どういう時につかうんですか?何が便利なのでしょうか。
話はちがいますが、ホルムアルデヒド変性でRNA泳動する時、最近のトレンドはサンプルやマーカーを変性する段階で、少量のEtBrを入れて(おそらく架橋で)結合させます。この時、移動度やハイブリの感度に影響を与えない濃度と言うのが原著に出ていました(数字は失念)。
(無題)
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No.1064-2 - 2012/10/27 (土) 16:28:23 - in situ
色素の種類によってかはわかりませんが、少なくともSYBR safeを泳動サンプルにいれたところ、高濃度では特に泳動速度が低下しました。
1/100程度いれたところ、泳動速度が入れていないものの2/3程度まで低下しました。
ただ、1/10000程度ならば、入れないものと全く変わらず、検出感度としてはこのレベルで十分あったので、おそらく市販のマーカーにも泳動速度がそれほど変化しないレベルの蛍光色素しか入っていないと思います。
ただ、短いDNA断片を泳動するときなどは注意が必要かもしれませんね。
市販の蛍光色素入りDNAマーカーは移動度に影響をうけているか?
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No.1064-1 - 2012/10/27 (土) 14:50:09 - Harmonia
最近、Loading Bufferに蛍光色素(インタカレータ)の入ったマーカーが
いろいろ出てきましたが、色素の種類によって、DNAの単位時間当たりの
泳動距離(見かけの大きさ)に影響は無いでしょうか?
あるなら、マーカーと同じLoading Bufferをサンプルに使うしかない。
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