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(無題) 削除/引用 No.10631-3 - 2022/07/18 (月) 20:42:19 - だいち zam　様 コメントありがとうございます。 >>いうまでもありませんが、相補鎖の視点か、非相補鎖の視点かで、5'側になるか3'側になるかが違います。 >>また、PAM配列は5'-NGG-3'のことですが、人によってはその相補鎖（5'-CCN-3'）のこともPAM配列と呼んでいる感があります。それが混乱の一因かもしれませんね。 PAM配列の相補鎖(5'-CCN-3')もPAM配列と呼ぶことは初めて知りましたが、ご記載の通り正に混乱する原因だったと思います。 ご丁寧な回答をしていただき、とても参考になりました。 ありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.10631-2 - 2022/07/16 (土) 15:07:59 - zam http://first.lifesciencedb.jp/archives/8416 こちらの図2に図示されております。 とりあえずこれを見ていただければ、ご理解いただけるかと思います。 以下は余談です。 言葉だけの説明は誤解を招きやすいですね。 いうまでもありませんが、相補鎖の視点か、非相補鎖の視点かで、5'側になるか3'側になるかが違います。 また、PAM配列は5'-NGG-3'のことですが、人によってはその相補鎖（5'-CCN-3'）のこともPAM配列と呼んでいる感があります。それが混乱の一因かもしれませんね。 DNA:RNAの相補性で見れば、 （crRNAに対する）相補的DNA上では5'側にPAM配列の相補的配列（CCN）となり、 （crRNAに対する）非相補鎖DNA上では3'側にPAM配列（NGG）となります。 私の場合ですが、crRNAと同じ配列になるのがわかりやすいので（TとUの違いはあれど）、非相補鎖DNAを見てデザインしています。 そうして、crRNAの3'側にPAM配列（NGG）が位置する配列を選んでいます。 もちろん、crRNAにはPAM配列は含まれませんが。 IDTなどの業者のwebサイトにデザインツールがあるので、発注の際に混乱しにくいと思います。

CRISPR-Cas9のゲノム編集技術について 削除/引用 No.10631-1 - 2022/07/16 (土) 12:36:52 - だいち 大学院生です。 初めて質問させていただきます。 某サイトを用いてcrRNAの標的配列を探しております。ヒットした標的配列のうち、−鎖にある配列を選択した場合に配列上は5'側にPAM配列が位置した場所が特異性、機能性が高いと表記されています。 この情報をもとに実験を行い、HMAを用いて切断されたバンドの大きさを確認しましたが、予想していたサイズのバンドを確認できています。 しかし、別のサイトではPAM配列の位置は、必ず標的配列の3'末端に配置しなければならないとの記載を後になってから見つけ、混乱しております。 PAM配列の位置は標的配列の3'末端に位置しなければならないのでしょうか。また、標的配列の5'末端にPAM配列が位置していた場合、標的配列と逆側が切断されるという認識でよろしかったでしょうか。 よろしくお願い致します。

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