Bio Technical フォーラム

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No.10628-25 - 2022/07/18 (月) 08:57:28 - zam
根掘り葉掘り聞き失礼しました。

質問者様が初めてIgG精製をするに至った理由や状況はさておき、最初にトピックを立てる際に「初めてIgG精製した」と一言書いてくだされば、無駄なやり取りをせずに済んだと思います。

あと、生化学を存じないようにお見受けしますので、そうであれば最初に「生化学を知らない」と一言書いてくださればと思います。
用語を書き並べて、知ってる風を装わずに、率直に「無知、未経験」と書いてくだされば。

分光光度計も持たず借りることもできない状況でIgG精製する状況は、正直なところ意味不明なのですが、きっとご事情がおありなのでしょう。

純度の高いIgGならば、そのモル吸光係数から、かなり正確なタンパク量が算出できます。
モル吸光係数の意味がわからないならば、ご自分で調べてください。

タンパク質実験には分光光度計が必須と言っても過言ではありません。
精製直後のIgGは分光光度計でタンパク量を調べるのが普通だと思います。
「現場」に分光光度計がなければどこかで借りて使えばよいだけです。

NanoDropを買うのはどうぞお好きにとしか申し上げられません。
私ならnanodropの測定値は目安程度という認識です。
(目安ですが、実験には重宝しています)

発色による総タンパク量の測定は、たとえ生化学を存じない方でも、指示通りに試薬とサンプルを混ぜ混ぜして計るだけですので簡単にできます。
標準タンパクは市販の精製γ-グロブリンでもBSAでもよいと思います。
ただし粉末状態のγ-グロブリンやBSAは、保存状態等の理由で(秤量時の)水分含量が不明です。
秤量値を過信せず、タンパク質溶液を調製した後に、分光光度計でタンパク濃度を確認してください。
(ここでも分光光度計が必要になります)

BCA法はタンパク質間の発色の変動が少ないです。
Bradford法やLowry法はタンパク質によっては発色の変動があります。
気になるなら、抗体産生細胞と同じ動物種由来のγ-グロブリンを標準品にすればよいでしょう。
(もっとも、総タンパク量を測定するのであれば、調達可能なタンパク質でよいと思いますが――この意味はお分かりですか?)

市販の抗体製品は種々添加物が含まれておりますのでタンパク定量の標準品としては不向きです。
余談ですが、安かろう悪かろうで有名な抗体メーカーもあります。QCやQAも信用できないメーカーもあります。もっとも、メーカーが出荷した製品のタンパク値を信用せず、自分で調べればよいだけです。

発色法のELISAにすれば、可視光プレートリーダーで測定自体はできます。簡単です。

精製度を知りたいのであれば液クロかSDS-PAGEで調べるか、ELISA値と総タンパク量から算出するだけです。

上にいろいろ申し上げましたが、それらのことも、実験が下手ならばどうしようもありません。時間と試薬の無駄です。
ピペット操作や試薬の扱いなど、まずは基本的な実験のトレーニングを積まれることをお勧めします。

卒論か修論ならば、まずは初歩的な(大学専門課程レベルの)知識習得と基本的な実験のトレーニングを積むべきです。
急ぐならばIgG精製に慣れている人に聞いた方が早いです。

大学、研究機関や企業にお勤めの方か個人事業主の方で、タンパク質の扱いに不慣れな方であれば、IgG精製に慣れている人や部署に依頼するか、外注したほうが確実です。

以上でご質問に対する回答を終わりにさせていただきます。

(無題) 削除/引用
No.10628-23 - 2022/07/18 (月) 00:08:05 - 小謡
>[Re:22] zamさんは書きました :
> もしよろしければ、開示できる範囲で結構ですので、教えていただけますか?
ちょっとそれは控えさせてください。

> IgGの精製は今回が初めてですか?
初めてです。

この掲示板に非常に助けられています。また質問させていただきます。

(無題) 削除/引用
No.10628-22 - 2022/07/17 (日) 23:50:03 - zam
> 教授はNanodropをとりあえず示したのですが

> 現場ではディスカッションできる同僚もいないので

もしよろしければ、開示できる範囲で結構ですので、教えていただけますか?

質問者様の立場と実験環境を教えていただけますか?

「教授」という言葉から、学生かと思っていましたが、違うのですね?
「同僚」云々ということは、研究機関か会社にお勤めの方か何かですか?
それとも「同僚がいない」ということは、個人事業主か何かですか?

そちらの「現場」には分光光度計すらなく、近くで借りるところもないということですね?
バイオ系の研究機関でも、企業のバイオ研究所でもないということですか?

ラボを立ち上げたばかりで機器が揃っていないということですか?

タンパク質の精製と定量ができる環境ではないということですか?

IgGの精製は今回が初めてですか?

「現場」にある分析機器などの機器を教えていただけますか?

場合によっては、NanoDropを買うよりも、まるっと外注した方がよい場合もあります。失礼ながら、質問者様はバイオ研究についてお詳しくないように思われますので。

(無題) 削除/引用
No.10628-21 - 2022/07/17 (日) 23:00:04 - 小謡
>[Re:20] おおさんは書きました :
> 回答している人はからり戸惑っていると思う。自身の中で矛盾があることをどう思っていらっしゃるのか。学生なら生化学とか授業がなかったのでしょうか。少なくとも入門書ぐらいは読んで理解するようにしてほしいもんです。
生化学の授業はあったかな、あったとしても覚えてません。自分の中で矛盾があることはこうやってやりとりをしている中で気づきました。現場ではディスカッションできる同僚もいないのでこういう場が大変助かっていてありがたいです。

> あとA280の測定は吸光光度計があれば、ナノドロップがなくてもできます。DNAとか吸光光度計で測ってませんか?そういうやつで大抵図れるはずです。
DNAを測ることはなくて、ですのでその手の機器がないのです。

> ELISAなどで測定する蛍光も図れるプレートリーダーはお持ちなんでしょうね(今までのやり取りを見ていたら不安になってしまう)。
プレートリーダーはあるのですが蛍光は測れません。

> スペクトラムを取れるようなUV-Visibleをカバーできる分光光度計は生化学的な研究では使おうと思えばいろいろな事ができるので、そういうものがなければナノドロップはあれば、たんぱく定量以外幅広い用途で使うこともできるので、買ってもいいっていうのはそういうのが視野に入っているかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.10628-20 - 2022/07/17 (日) 19:03:11 - おお
>[Re:16] 小謡さんは書きました :
> >[Re:14] zamさんは書きました :
> > 質問者様は、IgGがタンパク質の一種であることをご存じであり、タンパク質にはペプチド結合があることをご存じであるならば、
> >
> > なぜ、
> >
> > > IgGはペプチド結合がないのでこれは当てはまらないかな、と
> >
> > このように考えられたのでしょうか?
>
> ちょうど今Wikiを見ました。IgGもペプチヂ結合ますね、勉強になります。
>
>

>[Re:13] 小謡さんは書きました :
> >[Re:12] zamさんは書きました :
> > 質問者様は、IgGがタンパク質の一種であることをご存じでしょうか?
> はい。
>
> > 質問者様は、アミノ酸がペプチド結合してタンパク質になることをご存じでしょうか?
> はい。
>

IgGにペプチド結合がないとか、アミノ酸の吸光度を利用してIgGは測れないといいながら、IgGはタンパクでアミノ酸のペプチド結合でできていることを知っているかと問われると、知っているとおっしゃる。

回答している人はからり戸惑っていると思う。自身の中で矛盾があることをどう思っていらっしゃるのか。学生なら生化学とか授業がなかったのでしょうか。少なくとも入門書ぐらいは読んで理解するようにしてほしいもんです。

あとA280の測定は吸光光度計があれば、ナノドロップがなくてもできます。DNAとか吸光光度計で測ってませんか?そういうやつで大抵図れるはずです。

ELISAなどで測定する蛍光も図れるプレートリーダーはお持ちなんでしょうね(今までのやり取りを見ていたら不安になってしまう)。

スペクトラムを取れるようなUV-Visibleをカバーできる分光光度計は生化学的な研究では使おうと思えばいろいろな事ができるので、そういうものがなければナノドロップはあれば、たんぱく定量以外幅広い用途で使うこともできるので、買ってもいいっていうのはそういうのが視野に入っているかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.10628-19 - 2022/07/17 (日) 08:17:21 - 小謡
>[Re:18] 774Rさんは書きました :
> 市販の抗体って通常、安定化のためにゼラチンなどが入ってますけど、その混合液の中のIgGだけをどうやって測定したんでしょう?
インフォメーションシートにPBSに溶けているというものを使いました。もう使わない古いモノだったのでそれもあってダメだったのかなと思います。

> 混じり物の中から測るならELISAが良いかな。
ですかね。ELISAかナノドロップかで週明けにもう一度考えてみようと思います。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.10628-18 - 2022/07/17 (日) 07:44:24 - 774R
> サンタクルズの抗体で先日試したのですがなんだかバラバラな数値になったのでBCAじゃダメなのかなと思ったんですよね。

市販の抗体って通常、安定化のためにゼラチンなどが入ってますけど、その混合液の中のIgGだけをどうやって測定したんでしょう?BCAでも280nmの吸光でもゼラチンのシグナルばかり拾ってしまいますよ?
0.2%ゼラチンくらいだから、2mg/ml相当なのでIgGより濃いくらい。
混じり物の中から測るならELISAが良いかな。

(無題) 削除/引用
No.10628-17 - 2022/07/17 (日) 03:32:09 - 小謡
BCA法でも定量できるけど検量線に使う基準となるタンパクをどうするか考えないといけないですね。もちろんIgGタンパクがベストでしょうがBSAだとダメなのでしょうか。個人的には定量するときは検量線を引きたい派なのですがナノドロップで単独で測定でもいい気がしてきました。(多くのかたが普通に使っていると聞くと安心できます。)メーカーさんから蛍光検出による定量機器をデモで借りたのですがうまく数値が出なくて不安になっていました。ちょっとメーカーさんとも話してみます。

(無題) 削除/引用
No.10628-16 - 2022/07/17 (日) 03:10:06 - 小謡
>[Re:14] zamさんは書きました :
> 質問者様は、IgGがタンパク質の一種であることをご存じであり、タンパク質にはペプチド結合があることをご存じであるならば、
>
> なぜ、
>
> > IgGはペプチド結合がないのでこれは当てはまらないかな、と
>
> このように考えられたのでしょうか?

ちょうど今Wikiを見ました。IgGもペプチヂ結合ますね、勉強になります。

(無題) 削除/引用
No.10628-15 - 2022/07/17 (日) 03:08:16 - 小謡
>[Re:12] zamさんは書きました :
> 質問者様は、アミノ酸がペプチド結合してタンパク質になることをご存じでしょうか?
じゃぁBCAでもいけるんですかね?サンタクルズの抗体で先日試したのですがなんだかバラバラな数値になったのでBCAじゃダメなのかなと思ったんですよね。ナノドロップうちは持ってなくて教授は買ってもいいと言うと思うのですがそれも何だか申し訳ないかな、と思いまして。

(無題) 削除/引用
No.10628-14 - 2022/07/17 (日) 03:05:22 - zam
質問者様は、IgGがタンパク質の一種であることをご存じであり、タンパク質にはペプチド結合があることをご存じであるならば、

なぜ、

> IgGはペプチド結合がないのでこれは当てはまらないかな、と

このように考えられたのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.10628-13 - 2022/07/17 (日) 02:55:53 - 小謡
>[Re:12] zamさんは書きました :
> 質問者様は、IgGがタンパク質の一種であることをご存じでしょうか?
はい。

> 質問者様は、アミノ酸がペプチド結合してタンパク質になることをご存じでしょうか?
はい。

>[Re:11] 基本がなっとらんさんは書きました :
> IgGが何であるかよく理解していないように見受けられます。
> 測定法のテクニカルな話に前に、IgGについて調べる事をお勧めします。
了解です。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.10628-12 - 2022/07/17 (日) 02:25:30 - zam
質問者様は、IgGがタンパク質の一種であることをご存じでしょうか?

質問者様は、アミノ酸がペプチド結合してタンパク質になることをご存じでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.10628-11 - 2022/07/17 (日) 01:56:44 - 基本がなっとらん
IgGが何であるかよく理解していないように見受けられます。
測定法のテクニカルな話に前に、IgGについて調べる事をお勧めします。

(無題) 削除/引用
No.10628-10 - 2022/07/17 (日) 00:54:58 - 小謡
>[Re:9] 散々さんは書きました :
> 前回も話の通じない相手だと思ったが、ここまでとは。
> 教授が、とあるので学生かと思ったが、学生にしては知識と経験が無さ過ぎて不思議すぎる。
> こんな学校のために税金使って欲くないな。

初めてのことなので試行錯誤しております。

(無題) 削除/引用
No.10628-9 - 2022/07/17 (日) 00:06:09 - 散々
前回も話の通じない相手だと思ったが、ここまでとは。
教授が、とあるので学生かと思ったが、学生にしては知識と経験が無さ過ぎて不思議すぎる。
こんな学校のために税金使って欲くないな。

(無題) 削除/引用
No.10628-8 - 2022/07/16 (土) 14:53:15 - 小謡
>[Re:5] おおさんは書きました :
> https://www.aatbio.com/tools/calculate-IgG-concentration

リンクありがとうございます。まだしっかりとは読んでいませんが、280でピークを作るようですね。NanoDropが確かなような気がしてきました。

(無題) 削除/引用
No.10628-7 - 2022/07/16 (土) 14:47:52 - 小謡
みなさんコメントありがとうございます。大変参考になります。

> これは芳香族アミノ酸のトリプトファンやチロシンが280 nmの紫外光を吸収するのでこの吸光度からタンパク質濃度を見積もる、という原理のようですがこれってIgGにはあてはまりませんよね?

このままなのですが、タンパク質に含まれている芳香族アミノ酸のトリプトファンやチロシンが280 nmでピークを作りますよね。IgGはIgGであって芳香族アミノ酸ではないのでピークを作らないのではないのかな?と思ったのです。

BCA法は銅イオンとタンパク質のペプチド結合が反応して発色する(ざっくり)でしょうから、IgGはペプチド結合がないのでこれは当てはまらないかな、と。

ELISAはついさっきキットを見つけて、まだ抗原に何を使っているとかサンドイッチなのか直接間接なのかとかも見てませんがあるはあるようです。

MS(質量分析計)は、やろうかねぇくらいに教授とは話しています。私も教授も経験がないのです。また質問するかもしれません。SDS-PAGEはやります。

じゃぁNanoDropで大丈夫ということですかね。215nmと280nmでピーク出るものですか?

(無題) 削除/引用
No.10628-6 - 2022/07/16 (土) 10:31:38 - TEC
ある程度のラージスケールでの培養みたいですからNanodropで十分いい精度で測れるのではないでしょうか。しかし、それだけでは純度はわかりませんので、SDS-PAGE等もした方がいいかと。

(無題) 削除/引用
No.10628-5 - 2022/07/16 (土) 09:52:27 - おお
>これは芳香族アミノ酸のトリプトファンやチロシンが280 nmの紫外光を吸収するのでこの吸光度からタンパク質濃度を見積もる、という原理のようですがこれってIgGにはあてはまりませんよね?

当てはまらないって意味がわかりませんが、、、それではどんなカテゴリーのたんぱくが当てはまって、当てはまらないたんぱくのカテゴリーがなんですか?

わたしなら、A280で測れるくらいの濃度だったら、(バッファーにUVで強い吸収を持つものとか入ってたり障害がない限り)A280で測ります。たんぱく定量用のきっととか、試薬を混ぜてスタンダードまで用意しないといけない手間のかかることはしなくていいならしたくないです。NanoDropでA280を測るのならそのまま溶液を乗せるだけでしょう。

https://www.aatbio.com/tools/calculate-IgG-concentration

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