1.オリジナル細胞と当該細胞の標的遺伝子mRNAの量比の確認としてロングリードもしくはqPCR。
2.イントロンの一部の欠損によりスプライシング・バリアントが生じているか否か（さらにはAA配列に影響があるか否か）の確認として、PCR以外の方法として、5' or 3' RACE、ロングリードのRNA-seq。
3.スプライシング・バリアントが存在する場合には、その量比の確認としてロングリード、もしくは、qPCR。
ここまでの実験でも、
> イントロンの欠損が原因であることを裏付け
るまでには至りませんが、
イントロンの欠損と関係がありそうだ、ぐらいは言えるかと思います。
ところで、
> イントロンの一部がヘテロ欠損
これは同一細胞内の片アレルが欠損という意味で述べておられるように思います。
しかし、両アレルが欠損した細胞と、（少なくとも当該アレルが）野生型の細胞のプールを見ているという可能性も否定できないように思います。
したがって、たとえば限界希釈法や（半）固体培地によって細胞をクローニングするか、あるいは、シングルセルとしてゲノムを解析するか、などにより、確度を高めておく必要があるように思います。
（さらに、失礼を承知で申し上げることをご容赦いただきたいのですが、ひょっとしたら、当該細胞のゲノムDNAにオリジナル細胞由来のゲノムDNAがコンタミして、イントロン欠損配列と野生型配列が半々に存在しているように見えているだけ、という可能性も否定できません） |
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