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(無題) 削除/引用 No.10606-5 - 2022/07/11 (月) 13:47:13 - momo これもまた酵母メインの仕事ですが、酵母のデータで深層学習させたモデルでヒトの転写活性化ドメインを予測できていますね。 https://elifesciences.org/articles/68068 PubMedでこの論文のSimilar articlesを引いてみると、それらしいタイトルのものがいくつかあるようです。 https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/?linkname=pubmed_pubmed&from_uid=33904398

(無題) 削除/引用 No.10606-4 - 2022/07/11 (月) 09:38:54 - Georgi お二人ともありがとうございます！ おおさん 制約と考えると腑に落ちました。 Sp1は活性化にも抑制にも働くようなのでとても納得です。 特に酸性以外は酸性TADの相互作用が必要かも？といった文献もあるので、強力というだけではなく簡単に応用できるからといった理由があるのかもしれないですね。 momoさん 酸性TADの酸性／疎水性領域の相互作用についてまとめられていて、とても参考になりました。 コアクチベーターとの相互作用だけではなく、立体構造にも寄与しているんですね。 glutamineやproline-richドメインについてこういった論文があれば教えていただきたいです。 Gal4のDNA結合ドメインとTADを繋げて、何種類かのTADを比較した論文があるのですが どれも酵母で比較していて、ヒト細胞での働きの違いがいまいち掴めません。

(無題) 削除/引用 No.10606-3 - 2022/07/09 (土) 20:09:08 - momo この論文が参考になるのではないでしょうか。 https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405471222000023

(無題) 削除/引用 No.10606-2 - 2022/07/09 (土) 04:36:52 - おお よくわかりませんが、SP1 やJun/fos など（どの分類かわかりませんけど）遺伝子の発現よりもシグナル伝達、修飾などがおおきく関わっているような気がします。そういう意味ではポテンシャルとして強い発現誘導ができたとしても、細胞の状態で抑制されていたり、ONになってなかったりするという状態もありえるので使いにくいような気がします。 Jun/fosとかは２分子で構造を支え合っているのでそれもちょっと１分子の融合蛋白を作るのにハードルが高そうな気もします。 強力な発現誘導ができるかという視点の他に制約があったのかもしれません。やりやすかったということでしょうか。

強力な転写活性化ドメインについて 削除/引用 No.10606-1 - 2022/07/07 (木) 14:22:00 - Georgi 現在転写活性化ドメインについて勉強しているものです。 その中で疑問に感じたことあるのですが上手く調べることができないため、ご教授お願いします。 VPRやSAMのような強力な融合TAD（転写活性化ドメイン）が開発されていますが、 一つ一つを見ると酸性なTADが多く見受けられます。 転写活性化ドメインには、glutamine-richやproline-richなものもあるのに 酸性TADで構成されているのは、やはり強力だからでしょうか？ また、もしglutamine-richやproline-richで酸性TADよりも強力な転写活性化ができるものがあれば教えていただけると助かります。

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