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タンパク質抽出用サンプルの保存 トピック削除
No.10600-TOPIC - 2022/07/04 (月) 11:54:37 - Tany
いつも参考にさせて頂いております。
本日はタンパク質抽出に用いるサンプルの保存条件について皆様のご意見をお聞かせください。

植物の葉からタンパク質を非変性状態で抽出後、限外ろ過で精製し、ある酵素タンパク質の活性調査を行う予定でいます。これまではサンプリング直後の新鮮な葉サンプルを用いて行っていましたが、限外ろ過キットの納品が遅れているためサンプルを保存する必要が出てきました。今の所考えている実施方法は以下の2点です。

1. サンプリングした葉サンプルを-80℃で保存しておき、キットが届き次第、抽出と精製を行う。
2. 新鮮なサンプルを用いてタンパク質抽出まで行い-80℃保存。キットが届き次第精製を行う。

これまでに抽出、精製後のサンプルを-80℃で保存して実験に用いていましたが、精製前のサンプルを保存しておいたことはありません。

皆様の経験として、サンプルの冷凍保存で活性の低下がみられたようなことはありますでしょうか?また上記案1と2でしたら皆様はどちらを選択されますか?
よろしくお願いします。
 
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No.10600-6 - 2022/07/06 (水) 12:48:13 - Tany
>ghjk様
追加のコメントありがとうございます.
本当に参考になります!
また何かお尋ねすることがあるかもしれませんがよろしくお願いします.

本件、解決にさせて頂きます (パスワード設定ミスで設定できませんが・・・。).
皆様ありがとうございました!

(無題) 削除/引用
No.10600-5 - 2022/07/05 (火) 17:26:21 - ghjk
緩慢な凍結はその過程でいろいろ起こる可能性があるので、少なくともタンパク質や酵素などを対象とした生化学的な実験の場合はできるだけ急速凍結(よろしくないことが起こる前に完全に凍らせてしまうということで)の方がbetterです。凍結自体がタンパク質の活性に良くない影響をすることは絶対ないとは言い切れないですが、かなりレアなケースと思います。ただ凍結しておいたものを融解する際にプロテアーゼやフォスファターゼが働いたりとかは起こり得ます。なので、この段階ではできるるだけ速やかに(必要あれば各種インヒビたーを含む)可溶化溶液に(凍ったままでもいいので)投入してホモジナイズするのは大切と思います。

(無題) 削除/引用
No.10600-4 - 2022/07/05 (火) 09:18:32 - Tany
>ghjk様
凍結保存で問題ないとのコメントありがとうございます.また保存の際の急速冷凍や抽出時の凍結破砕の影響についても気になっていたところなので大変助かります (急激な変化が問題になるのでは・・・と心配していました.).抽出効率向上のためにも凍結破砕も検討してみたいと思います.ありがとうございました!

>zam様
コメントありがとうございます.タンパク質によっては凍結変性が生じてしまう例もあるのですね.サンプリング後の処理を分けるのは試してみても良いかもしれません.ありがとうございました!

(無題) 削除/引用
No.10600-3 - 2022/07/05 (火) 06:28:01 - zam
1か2かの二択に限れば、私も1を推します。

しかし、たとえば食肉分野で凍結変性が大きな課題となっておるように、物によっては冷凍保存が安全策にはならないことがあると申し上げておきます。
https://www.kimoto-proeng.com/keyword/2322

私の経験は、うん十年も昔のことですが、ニワトリの脳内の某タンパク質を粗精製して「活性」を調べる実験をしていました。
新鮮な脳を出発材料としたときに比べて、-80℃保存した脳を出発材料にすると、粗精製品の「活性」が半減した、という経験があります。
(当時は凍結融解の仕方が拙くて目的タンパク質が失活したと解釈したのですが、その後アクセサリータンパク質の存在がわかり、それの凍結変性で目的タンパク質の「活性」も下がったということがわかりました。)

また、たとえば豚の凍結卵は人工授精に不向きです。豚と植物では比較にならないかもしれませんが、ともかく生化学の世界では冷凍保存が安全策にはならないということは申し上げておきます。


そこで、私からは以下の二案をご提案いたします。

A案 限外ろ過キットが届くまでは葉のサンプリングを待つ。

B案 サンプリングした葉を3群に分け、それぞれ室温(15〜25℃)、4℃(非凍結)、-80℃に保存する。あとは質問者様の1の通り。


ご参考まで。

(無題) 削除/引用
No.10600-2 - 2022/07/04 (月) 18:04:18 - ghjk
どちらででも大差ないとおもいますが、1のほうがより確実な方法と思います。あとのことを考えて必要に応じて小さく切ってから凍結した方が良いかもしれません。また強いて言えば液体窒素で迅速に凍結してから−80℃に入れた方が良い気がします。凍結組織の融解時に気をつけないといろいろ良くないことが起こることがあるので、抽出時は凍結サンプルが溶ける前に抽出用試薬に入れてホモジナイズ等した方がいいです。

タンパク質抽出用サンプルの保存 削除/引用
No.10600-1 - 2022/07/04 (月) 11:54:37 - Tany
いつも参考にさせて頂いております。
本日はタンパク質抽出に用いるサンプルの保存条件について皆様のご意見をお聞かせください。

植物の葉からタンパク質を非変性状態で抽出後、限外ろ過で精製し、ある酵素タンパク質の活性調査を行う予定でいます。これまではサンプリング直後の新鮮な葉サンプルを用いて行っていましたが、限外ろ過キットの納品が遅れているためサンプルを保存する必要が出てきました。今の所考えている実施方法は以下の2点です。

1. サンプリングした葉サンプルを-80℃で保存しておき、キットが届き次第、抽出と精製を行う。
2. 新鮮なサンプルを用いてタンパク質抽出まで行い-80℃保存。キットが届き次第精製を行う。

これまでに抽出、精製後のサンプルを-80℃で保存して実験に用いていましたが、精製前のサンプルを保存しておいたことはありません。

皆様の経験として、サンプルの冷凍保存で活性の低下がみられたようなことはありますでしょうか?また上記案1と2でしたら皆様はどちらを選択されますか?
よろしくお願いします。

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