泳動条件によっては、2バンドが1バンドに見える場合もありますので、質問者様のバンドは、差し当たり2バンド存在すると考えておいた方がよろしいように思います。
質問者様に限らず、ゲル抽出後の泳動チェックで複数のバンドが見られるという質問が投げかけられることが度々あります。
原因として最も考えやすいのは、コンタミネーションです。汚染源としてはゲル抽出キットの汚染、特にゲル溶解バッファーか溶出バッファーの汚染が怪しいです。あるいは泳動槽、泳動バッファー、ピペット、チップ、カミソリ、トランスイルミネーター、人間、実験環境、その他が汚染源として考えられます。
PCRをよく使用する部屋、実験台、ピペットはDNAでかなり汚染されていると考えたほうがよろしいと思います。
対処としては汚染源の排除です。バッファー類の新調、実験器具等や実験台等については次亜塩素酸ナトリウムで除染する、人間についてはできる限り防護するということかと思います。
もう一つ考えられることは、ゲル抽出過程によるDNAの変性もしくは異常なアニールです。こちらはゲル抽出後のDNA溶液を加熱・冷却により解消したという報告がネット上のどこかにございました。
なお全般的な対処方法としては、質問者様の状況がわかりませんので思いつくまま記しますが、まずはゲル抽出キットをやめること。そしてローメルティングアガロースの使用、電気溶出、あるいはゲル濾過、フェノール抽出・エタノール沈殿、PCRクリーンアップキット、HPLCなどがよいかもしれません。 |
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