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(無題) 削除/引用 No.10594-8 - 2022/07/05 (火) 00:53:11 - おお 培養できるバクテリアなら、適切なプレートに（希釈系列などを作り）まいて、コロニー数から数を見積もることも可能です。

(無題) 削除/引用 No.10594-7 - 2022/07/02 (土) 05:57:46 - zam 質問者様の細胞は代替不可能なのでレスキューしたいものと、勝手ながらお察し申し上げます。 細菌等による汚染状態から細胞をレスキューする方法として以下をご提案いたします。 1. 抗生物質と寒天培地 ttps://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4298231/ " A method for eliminating bacterial contamination from in vitro moss cultures" 1) 16Sによる汚染菌種の特定。 2) 適した抗生物質の選定。なお抗生物質の高濃度使用も検討。 3) 抗生物質含有PBSで2回洗浄後→抗生物質含有寒天培地で培養→コロニーを注意深くピックアップ→抗生物質含有液体培地で培養。 2.リゾチーム処理（おお様ご提案） ・1mg/mLのリゾチーム ttps://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24185649/ ・9〜36mg/mL ttps://www.jstor.org/stable/4293618 上記1にリゾチームを組み合わせてもよいかもしれません。 3. セルソーターによる分離 　上記1および2にセルソーターによる細胞の分離を組み合わせてもよいかもしれません。 　なおソーターの二次汚染リスクについては、ブリーチによってほぼ排除できると思います。ただし、他のソーター利用者等が抱く怒りや不快の感情を「排除」することはできません。感情には理屈が通りませんのでご注意ください。 なお、上記の方法はいずれも細胞にストレスを与えますので、細胞の性状が変化する可能性は否定できません。その点を考慮して実験結果を評価されることを老婆心ながら申し上げます。

(無題) 削除/引用 No.10594-5 - 2022/07/02 (土) 01:21:45 - おお Microbiome で１６sを増幅するプライマーがありますので、コピー数で大体の数が見積もれるのではと思いますがどうでしょうか？ あとはパーコールのような密度の違いで分ける手はあるかもしれません。以下の文献がそういうのですが、いろいろなさいきんがいる中で密度がそれぞれどの程度なのか私は検討が付きません。まあ上記のPCRとかで見積もりながらどれくらい除けたとかはわかるでしょうから、予備実験できるならそれでもいいかもしれません。 www.future-science.com/doi/epub/10.2144/0000113853 viceprovost.tufts.edu/aqueous-2-phase-system-separation-and-recovery-mammalian-cells-contaminated-cultures pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/29286236/ cell sortingでも分離はできると思います。また、静置かかろうじて細胞が沈む遠心でも独立に浮遊して塊とか作ってないならかなりバクテリアはのぞけると思います。 しかしながらバクテリアが細胞表面などに強く付着している場合（があるかどうかわかりませんが）、もうひと工夫必要なのかもしれません、 gram positiveなら lysozyme を使うてはあるのかな？

(無題) 削除/引用 No.10594-4 - 2022/07/01 (金) 21:08:34 - XBA1 詳細なことは言えませんが、マウスから組織がソースで、解析の邪魔になるので除外したいという状況です。 例えば、細胞の1/10以下ならば問題ないと思います。 抗生剤の使用はできません。培養も行いません。事情があり、無菌マウスが使用できない状況です。 元々nativeに存在しているので、細胞の代謝が変わるとかそういうことはこの際、無視します。

(無題) 削除/引用 No.10594-3 - 2022/07/01 (金) 20:39:28 - asan マイコプラズマなんかであれば除去剤が販売されてはいますが、基本的に細菌を含めて一度感染が目視で確認できるレベルまで広がった場合の回収はほぼ不可能だと思った方がいいです。 理由はどんなによい抗生剤を使用しても大抵の場合細菌増殖の速度が速すぎて必ず耐性菌が出現してきて回収できなくなります。ソーティングで助かるかはやったことないのでわかりませんが、細菌が細胞表面にべっとり付いてると持ち込むので基本それも無理です。 ソーティング培養に用いるソーターにコンタミを持ち込むリスクになるので余計なことをやって非難されるケースにもなります。 ＞培養に使うわけではないので、微量の混入であれば、問題ないのですが、その存在比（細胞vs細菌）を確認する方法はありますでしょうか。 問題なくはないです。実際コンタミは細胞の代謝等に影響を与えますからそのようなサンプルから得られたデータは信用できません。目視でほとんど見えないレベルでも、RNAやDNA量は細菌のほうが圧倒的にボリュームに対する量が多いのでコンタミが疑われる段階では相当混じってると考えた方がいいです。 どうしてもレスキューしなくてはいけないサンプルなら駄目元で抗生剤を組み合わせて頑張る場合はあるでしょうが、普通は問題ない細胞にコンタミが広がる可能性などを考えてさっさと捨てるべきです。

(無題) 削除/引用 No.10594-2 - 2022/07/01 (金) 19:17:30 - クェrちゅい どのような実験に使われるのですか。in vitroの感染実験とかですか。

細胞に混入した細菌を除外する方法 削除/引用 No.10594-1 - 2022/07/01 (金) 17:38:33 - XBA1 浮遊性細胞に混入した細菌の存在量を確認したり、除外する方法を検討しています。 cell sortingすれば、ほとんど除外できるのでしょうか？あるいは何か除外するキットはあるのでしょうか。 培養に使うわけではないので、微量の混入であれば、問題ないのですが、その存在比（細胞vs細菌）を確認する方法はありますでしょうか。

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