Bio Technical フォーラム

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細胞分画 トピック削除
No.10526-TOPIC - 2022/06/08 (水) 17:54:26 - 初学者
Thermo Fisher Scientificの細胞分画キットを用いて、分画を行う予定のものです。
各Bufferを加えた後に、4℃でローテーターを用いて攪拌点灯させる操作があるのですが、現在所属しているラボのローテーターを入れた冷蔵庫が故障しています。この操作を室温で行っても、タンパク質は壊れたりしないでしょうか??

分画したサンプルはWBに使う予定です。
 
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(無題) 削除/引用
No.10526-21 - 2022/06/11 (土) 02:39:27 - iiii
>[Re:19] vgふさんは書きました :
> 先生には遠慮なく鬱陶しがられるくらい聞きまくったほうがいいよ。
いやー、鬱陶しいですよ。

> あと、聞いても、自分で調べろとかすぐに言う場合は、ほとんどの場合、先生自身がよく知らないか、経験なくて自分でも具体的なことがわからないから、ということが多いです。
これはよくわかります。ごめんなさい

(無題) 削除/引用
No.10526-20 - 2022/06/11 (土) 02:26:25 - おお
>[Re:17] iiiiさんは書きました :
> >[Re:16] 散々さんは書きました :

> > 細胞分画って聞いたら、細胞を種類ごとに分画するのかも、って思うじゃん。
>
> そうですか?ぱっとこっち(みさんが言った方)だなって思いましたよ。
>
> >[Re:13] みさんは書きました :
> > 核画分 ミトコン画分とかあるじゃんそれらを分画する手法でしょう

私も核と細胞質を分けるとか、ミトコンドリアなどを分離するようなことを思い浮かべますが、いろいろな人(やっている研究など)がいるので、ピンとこない人がいてもいいんじゃないかな。確かにググったらおそらく核の単離だとかそういうのが多く出てきそうですけどね。

(無題) 削除/引用
No.10526-19 - 2022/06/11 (土) 02:18:35 - vgふ
室温で、と言う場合、懸念されることとしてタンパク質分解の問題がありますが、市販のプロテアーゼインヒビターカクテルを添加すれはそのリスクは減らせます。(注:核の分画より前の段階ならば必ずEDTAなしのものを使用してください。Mgイオンをキレートしてしまうとは核膜を不安定化しますので。)

実際にの話、比較的短時間(30分以内くらい)の室温インキュベーションでもしかすると起こるかもしれないタンパク質分解が、果たして結果を左右するような問題を起こすかと言われると?????ですが。(仮にそれほど強力なプロテアーゼ活性があるサンプルならばたぶん正規の方法でやっても同じような問題が起きるだろうと思うし。)


先生には遠慮なく鬱陶しがられるくらい聞きまくったほうがいいよ。正直な話し、教員は能力差がすごい大きいけど、それでもあの人たちはうちらよりは多少長くやってるのでたくさん失敗の経験してるから、失敗のリスク軽減にはそれなりには役に立ちます。
あとね、学生から聞かれたら、いい加減なこと言えないからちゃんと正確に答えられるように先生も勉強するようになるので、学生が聞いたほうが、先生自身も知識経験を積む良い機会になるのです。なので遠慮なく聞いてあげてください。
あと、聞いても、自分で調べろとかすぐに言う場合は、ほとんどの場合、先生自身がよく知らないか、経験なくて自分でも具体的なことがわからないから、ということが多いです。

(無題) 削除/引用
No.10526-18 - 2022/06/10 (金) 23:18:25 - 学習者
私も気になってググったのですが、細胞分画法というタームは、細胞を破砕して遠沈で細胞小器官を分離するという説明で高校生物基礎という教科で教えられているし、一般国語辞典にも収録されていたりして、現代日本で一般的に通じると期待してよいくらいの語彙であるようでした。

(無題) 削除/引用
No.10526-17 - 2022/06/10 (金) 23:14:44 - iiii
>[Re:16] 散々さんは書きました :
> なるほど。細胞分画って言葉が使われてるのね。
> でも、Thermo Fisher のキットは、細胞成分分画キットとして売ってる。
> 特定のキットについて言うなら、商品名くらいはちゃんと書いて欲しい。
> 細胞分画って聞いたら、細胞を種類ごとに分画するのかも、って思うじゃん。

そうですか?ぱっとこっち(みさんが言った方)だなって思いましたよ。

>[Re:13] みさんは書きました :
> 核画分 ミトコン画分とかあるじゃんそれらを分画する手法でしょう

(無題) 削除/引用
No.10526-16 - 2022/06/10 (金) 17:13:16 - 散々

> 核画分 ミトコン画分とかあるじゃんそれらを分画する手法でしょう
> 普通に使用する用語  下の人がまたggrksって言いそう
なるほど。細胞分画って言葉が使われてるのね。
でも、Thermo Fisher のキットは、細胞成分分画キットとして売ってる。
特定のキットについて言うなら、商品名くらいはちゃんと書いて欲しい。
細胞分画って聞いたら、細胞を種類ごとに分画するのかも、って思うじゃん。

(無題) 削除/引用
No.10526-15 - 2022/06/10 (金) 16:20:48 - qqq
>[Re:14] 初学者さんは書きました :
>
> 至らない部分がたくさんあり、不快にさせてしまい申し訳ありません。
> 自分で考えて、実践してみるよう心がけます。

自分で考えるのは必要だけども、その後指導教官に相談してくださいね。
同じことを何度も繰り返し質問する(自分が質問したことを覚えていない)とかでない限り、質問したことで評価を下げる教員はいません。
こういうところで聞いた対処をよく分かっていない人に付焼刃的にやられると困ることもあるので。

自分の場合、学部生なら以下のような評価ですね。院生はある程度自分で解決できなければならないので少し違いますが。
自分なりに調べた上で相談に来る学生>とりあえず相談に来る学生>>>何も言わずに待っている学生>問題は起きなかったが勝手な対策を実施して事後報告な学生(要注意人物)>>>勝手な対策をして報告しない学生(危険人物)

(無題) 削除/引用
No.10526-14 - 2022/06/10 (金) 14:50:49 - 初学者
>[Re:10] qqqさんは書きました :
> あ、aさんはとりあえず試してみろよということですね。
> 話がずれました。ごめんなさい。

>[Re:7] qqqさんは書きました :
> 施設に共有の低温室はないんですか?
> 問題ない場合もあるかもしれないけど壊れることも珍しくはない。
> あと論文化する時、キットのプロトコルに従って行ったとは書けなくなるね。査読で突っ込まれることは滅多になかろうが、読者から質問は来るかもしれない。

>[Re:6] おおさんは書きました :
> 壊れやすいたんぱくはかなり分解が進むと思います。もしマイルドなデタージェントなど使っていた場合デタージェントが効きすぎて、意図していない膜等を可溶化してしまうかもしれません。
>
> 隣のラボとかに行って冷蔵庫など一時的に使わせてもらったりしたらどうですか。あるいはそのキットのことはわからないですが、氷上において一定間隔で手で転倒混和をするとか。シェーカーがあればそこにちっさな発泡スチロールの箱とかに氷を詰めたものをおいて(短時間だったらタッパーみたいなのでもいけるとおもう)、その氷の上にサンプルをおいて(チューブを寝かせ置く)シェーカーをONにするとか。やれそうなことはないですか?



みなさま、ありがたいお言葉ありがとうございます。
至らない部分がたくさんあり、不快にさせてしまい申し訳ありません。
自分で考えて、実践してみるよう心がけます。

(無題) 削除/引用
No.10526-13 - 2022/06/10 (金) 11:59:08 - み
>[Re:12] 散々さんは書きました :
> そもそも、細胞分画ってなんだ?

核画分 ミトコン画分とかあるじゃんそれらを分画する手法でしょう
普通に使用する用語  下の人がまたggrksって言いそう

(無題) 削除/引用
No.10526-12 - 2022/06/10 (金) 08:53:27 - 散々
そもそも、細胞分画ってなんだ?

(無題) 削除/引用
No.10526-11 - 2022/06/09 (木) 15:17:54 - おお
冷蔵庫なおってから、4度でやったら再現性取れなかったりとか、、、

(無題) 削除/引用
No.10526-10 - 2022/06/09 (木) 13:50:37 - qqq
あ、aさんはとりあえず試してみろよということですね。
話がずれました。ごめんなさい。

(無題) 削除/引用
No.10526-9 - 2022/06/09 (木) 13:47:46 - qqq
>[Re:8] aさんは書きました :
> たいした手間でもない、他人に聞くほどでもない、自分で試してみれば済むことについて
> ggrks的な質問する人ってどーなんだろー

この質問者の人格は知らないが。

指導教官に基礎的なことを聞いて「そんなことも知らんのかアホめ」と思われるのが嫌だから聞きたくない、(評価に直結するから)自分の所属教室の教員でなくよその教員に聞く、こういうところやSNSで聞く、という学生がここ5年程で非常に増えた印象があります。
無駄に見栄をはっているというか。

博士課程ならともかく、修士課程以下は物知らなくても評価下がりはしないんだから聞けばいいのにね。
知ったかぶりで勝手なことされたら目も当てられんということには頭が回らないらしい。

(無題) 削除/引用
No.10526-8 - 2022/06/09 (木) 12:01:36 - a
たいした手間でもない、他人に聞くほどでもない、自分で試してみれば済むことについて
ggrks的な質問する人ってどーなんだろー

その研究室でどーゆー指導してるんだろー???

(無題) 削除/引用
No.10526-7 - 2022/06/09 (木) 10:46:44 - qqq
施設に共有の低温室はないんですか?
問題ない場合もあるかもしれないけど壊れることも珍しくはない。
あと論文化する時、キットのプロトコルに従って行ったとは書けなくなるね。査読で突っ込まれることは滅多になかろうが、読者から質問は来るかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.10526-6 - 2022/06/09 (木) 10:02:18 - おお
壊れやすいたんぱくはかなり分解が進むと思います。もしマイルドなデタージェントなど使っていた場合デタージェントが効きすぎて、意図していない膜等を可溶化してしまうかもしれません。

隣のラボとかに行って冷蔵庫など一時的に使わせてもらったりしたらどうですか。あるいはそのキットのことはわからないですが、氷上において一定間隔で手で転倒混和をするとか。シェーカーがあればそこにちっさな発泡スチロールの箱とかに氷を詰めたものをおいて(短時間だったらタッパーみたいなのでもいけるとおもう)、その氷の上にサンプルをおいて(チューブを寝かせ置く)シェーカーをONにするとか。やれそうなことはないですか?

(無題) 削除/引用
No.10526-5 - 2022/06/09 (木) 08:58:41 - 初学者
>[Re:3] おおさんは書きました :
> 4度でないと結構影響
> が出ると思う。
>

返信ありがとうございます。
室温となるとタンパクが分解されるのでしょうか??
もしくはBufferが本来通りの機能を発揮せず抽出がうまく行かないのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.10526-4 - 2022/06/09 (木) 08:56:42 - 初学者
>[Re:2] あさんは書きました :
> ん?
>
> わざわざ4℃と書いてあるのはホントはウソじゃないかと疑ってるということ?
>
> 自分で試してみればわかる
>
> もしくは、Thermoに聞いてみる
>
> もしくは、自分の実験環境に合った他のプロトコールを自分でさがす

返信ありがとうございます。
冷蔵庫の復旧の時期の見通しが経っていないため、質問させていただいた次第です。
一度自分で行ってみて検討したいと思います。

(無題) 削除/引用
No.10526-3 - 2022/06/08 (水) 20:36:47 - おお
4度でないと結構影響
が出ると思う。

(無題) 削除/引用
No.10526-2 - 2022/06/08 (水) 19:42:32 - あ
ん?

わざわざ4℃と書いてあるのはホントはウソじゃないかと疑ってるということ?

自分で試してみればわかる

もしくは、Thermoに聞いてみる

もしくは、自分の実験環境に合った他のプロトコールを自分でさがす

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