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リン酸化が細胞内で広範に起きると転写も大幅に変わりますか トピック削除
No.10516-TOPIC - 2022/06/03 (金) 19:45:03 - over
細胞にある刺激を加えると、タンパク質のリン酸化が細胞内で広範に起きることをウエスタンブロッティングで確認しました。

しかしながら、genome wideに転写を調べてみると、ほぼ大きな変化がない。

こんなことありえますか?
 
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No.10516-6 - 2022/06/04 (土) 22:33:24 - p
いや、あり得るも何も、そういう結果が得られたのですから、実際にそういうことがあるのでしょう。そこから次に進めば良いのではないでしょうか。


あまり、「こういう時はこうなるはず」、みたいな考え方はあまりしない方がいいです。予想してたのと違うからこそ新ことが見つかるのですから。全部わかった後から考えると実験する前に自分で考えてた仮説の大半は全然間違ってることが多いです。

(無題) 削除/引用
No.10516-5 - 2022/06/04 (土) 13:42:44 - たろう
刺激を加えた時点を0として、タンパク質のリン酸化を見ているのが30分後とかで、同じ時点で転写を見たから変化が見えていないとか?
刺激後12時間後とか、24時間後でも転写産物に変化なしですか??

(無題) 削除/引用
No.10516-4 - 2022/06/04 (土) 05:34:27 - over
過去の文献も含めて、リン酸化が起きています。
自分でも、5個くらい調べましたが、NFKBなども。

(無題) 削除/引用
No.10516-3 - 2022/06/04 (土) 01:44:30 - おお
何がリン酸化したかも問題だけどね。

(無題) 削除/引用
No.10516-2 - 2022/06/03 (金) 21:16:52 - み
再現性あるなら、あなたのプロトコールではそうなるのが真実なんじゃないですか?
時間帯にもよるだろうし、刺激の種類にもよるだろう。
そもそも細胞種が何なのかしらないが、in vitroで飼われている単細胞でみているなら、起こりえる反応も限られるだろうと予想する。
癌細胞なんかは非刺激時でも必要な遺伝子発現が走っていて、刺激入れても劇的な変化が見られないこともあるかもしれない。無血清状態とかにしてから刺激したら随分違うかもしれない。
しかし1.5倍でも変動が持続すれば単細胞にとっては充分反応しているとも考えられなくもない。

リン酸化が細胞内で広範に起きると転写も大幅に変わりますか 削除/引用
No.10516-1 - 2022/06/03 (金) 19:45:03 - over
細胞にある刺激を加えると、タンパク質のリン酸化が細胞内で広範に起きることをウエスタンブロッティングで確認しました。

しかしながら、genome wideに転写を調べてみると、ほぼ大きな変化がない。

こんなことありえますか?

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