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(無題) 削除/引用 No.10511-6 - 2022/06/02 (木) 19:52:50 - 31 なるほど、ありがとうございます。 大変参考になりました。 組み替えの起こりにくい大腸菌を使用して対策してみます！

(無題) 削除/引用 No.10511-5 - 2022/06/02 (木) 15:10:46 - G25 >のようなヘアピン構造をとるのですが、こういった配列も相同組み換えが起こるのでしょうか？ そういった配列だからこそ、自己相補対を作ってステムループの中間体をとり相同組換えを起こすのです。

(無題) 削除/引用 No.10511-4 - 2022/06/02 (木) 15:08:33 - G25 逆向き反復配列 (inverted repeat)とは -ACTGTAG-CTACAGT- のような配列のことです。 -ACTGTAG-GATGTCA- のように、同じ鎖上の配列を逆に並べたような配列は人が記号としてみたら逆向きだけど、化学的にも生物学的にも意味がないですね。 5'-ACTGTAG-3'と5'-GATGTCA-3'じゃ配向が違うのでなんの関連性もない。

(無題) 削除/引用 No.10511-3 - 2022/06/02 (木) 13:42:19 - 31 G25さん 返信ありがとうございます。 G25さんのおっしゃる逆向き反復配列とは例えば、 -ACTGTAG-GATGTCA- のような配列でしょうか？ 今回の大腸菌内の配列は、 -ACTGTAG-CTACAGT- のようなヘアピン構造をとるのですが、こういった配列も相同組み換えが起こるのでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.10511-2 - 2022/06/02 (木) 10:13:04 - G25 逆向き反復配列をもつプラスミドでは、なかなか形質転換体が得られない（プラスミドが増殖せず薬剤耐性が得られない）、ようやく得られた形質転換体では逆向き反復配列の組換えで欠失が起こっている、というようなことはありがちだと思います。案外、特に対策（rec遺伝子群の多重欠損宿主を使うとか）しなくても大丈夫なこともありますが。

ヘアピン配列の大腸菌内での複製について 削除/引用 No.10511-1 - 2022/06/02 (木) 09:48:13 - 31 もし知見のある方やご存じの方がいれば教えてください。 AAVベクター等の一部領域に150bp程度のヘアピン構造を形成するベクターの場合、 インバースPCRによってベクターのリニアライズ(直鎖化)が難しいことがあるかと思います。 (PCRが高次構造を乗り越えられないため) そのようなベクターの場合、クローニングの際の大腸菌の複製時にも、 PCRの時と同様に複製効率が悪くなる、というようなことは起こりうるでしょうか？ 一応、個人的には大腸菌の複製時には、ヘリカーゼによって高次構造は問題なく乗り越えるという認識なのですが、 現在行っているクローニングが全くうまくいかず、原因があまりにもわからないため、質問させてもらいました。 どうぞよろしくお願います。

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