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(無題) 削除/引用 No.10502-4 - 2022/05/31 (火) 21:04:34 - 　p 液量をもう少し多くして超音波処理してみましょう。 通常は1~10段階の２くらいの出力で数秒間の処理を、1分間くらい間隔あけて、３〜５回くらいやればDNAは電気泳動に影響しないくらいまで小さく切れて、粘性も無くなります。 DNAが十分に切れていない場合でもDNAがバンドのなることはないです。銀染色するとわかると思いますが、多くはゲルのトップの方に塊が詰まる感じでそこから下に向かってスメアになります。

(無題) 削除/引用 No.10502-3 - 2022/05/31 (火) 08:01:02 - おお >透明だけど肉眼で見えるバンドが存在しました。これは核酸でしょうか？ それは判断ができませんが、、、 >白いねばねばを含んだ状態のまま まだ長いDNAが存在してねばねばしてるんだと思います。なるべくそれを解消しないと均一でないところをたまたま取ってしまうと比較しにくくなってしまいます。今の状態なら超音波破砕を更にするか、ニードルをシリンジで通しながら粘らない溶液にするのが妥当かもしれません。 DNAがのぞけるような工夫として、 Nuclear extracts の手法をつかう。 Lysis bufferに５mMぐらいのMgCl２を入れてDNAが溶出しないようにする。 Lysis bufferに入れる前にグラスビーズを核と同量程度いれて、Lysisする。DNAはガラスにアフィニティーがあるのでガラスに巻き込まれたDNAを取らないようにして上清をとる。 LysisしたどろどろのものをMicrotube 遠心機に入れれるフィルターに載せて物理的にDNAを切断した粘性のない溶液を回収する（フィルターについてはGEが売っていたRNA精製用キットで組織のデブリを除いたりするようなフィルターを私は使っているが、単品でどれがいいのかと言われれば現状調べてないし、わからない）。 白いものはなにかわかりません。SDSだけ入ったLysisBufferであればSDSが沈殿しているかもしれません。またあなたのバッファーでも溶解しにくいものがあった場合、とにかく粘性をとって遠心して不溶成分を除くのがいいでしょう。それでも完全に透明にならないのならそれを流してもいいかもしれません（たまにLysisの仕方によってはうっすら半透明になることもあるにはあります）。

(無題) 削除/引用 No.10502-2 - 2022/05/30 (月) 21:55:17 - 独り言 白いバンドがなにかはわからんが、粘々はゲノムでしょう。 普通は超音波で解消できるはずなので、超音波の当て方がよくない。 もしくはSDSサンプルバッファーでの100度ボイルを10分以上行うと、粘々消えやすい。

DNA混入サンプルをSDS-PAGE 削除/引用 No.10502-1 - 2022/05/30 (月) 12:16:56 - ホスホ 核画分を調製しました。超音波破砕を行い、核酸の剪断を行いましたが、白いねばねばを含んだ状態のまま、実験を進めてしまいました。 そのサンプルをSDS-PAGEに流したのですが、透明だけど肉眼で見えるバンドが存在しました。これは核酸でしょうか？ 核画分を調製する時は、やはりサンプルが透明になるまで超音波破砕を行った方がよいのでしょうか？（多めにやったつもりではあるのですが）

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