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特定のモチーフを持つタンパク質の検索
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No.10496-TOPIC - 2022/05/27 (金) 20:43:09 - とり
いつも勉強させていただいております。
あるモチーフが、特定の細菌が発現するタンパク質群の中にあるかどうかということを調べたいと考えています。
データベースのようなものが有れば教えていただけると幸いです。周りにモチーフ検索をやったことがある人がおらず、ネットで調べてもいまいち見つからず〔調べ方が悪いだけかと思いますが〕、素人がうんうんやるより、ここで先生方に聞いた方が正確で良いと考えた次第です。どうぞよろしくお願いいたします。
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No.10496-3 - 2022/05/30 (月) 09:14:49 - とり
おおさま
Prositeで目的の行動は果たせそうです。
早々にありがとうございました。
(無題)
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No.10496-2 - 2022/05/28 (土) 08:40:19 - おお
データーベースてきにはPfam printsとかあとProsite
https://prosite.expasy.org/scanprosite/
https://www.genome.jp/tools/motif/
あとはモチーフ入力してBLAST(PHI-BLAST (Pattern Hit Initiated BLAST))
特定のモチーフを持つタンパク質の検索
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No.10496-1 - 2022/05/27 (金) 20:43:09 - とり
いつも勉強させていただいております。
あるモチーフが、特定の細菌が発現するタンパク質群の中にあるかどうかということを調べたいと考えています。
データベースのようなものが有れば教えていただけると幸いです。周りにモチーフ検索をやったことがある人がおらず、ネットで調べてもいまいち見つからず〔調べ方が悪いだけかと思いますが〕、素人がうんうんやるより、ここで先生方に聞いた方が正確で良いと考えた次第です。どうぞよろしくお願いいたします。
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