BioTechnicalフォーラム [繰り返し配列のあるDNAはどのようにして作製する？]

繰り返し配列のあるDNAはどのようにして作製する？

No.10470-TOPIC - 2022/05/18 (水) 16:09:51 - Rep

とあるDNAを合成しようとしていますが、繰り返し配列が多数存在するためDNA合成が出来ないと合成会社から言われてしまいます。

このようなＤＮＡの合成を試みています。

配列Ａ(20base)とします。
配列Ｂ(配列Aの逆相補鎖)

Linker配列1(20bp)-配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－配列Ａ－Linker配列2(6bp)-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-配列Ｂ-Linker配列3(20bp)

配列Aが10個連続し、配列Ｂも10個連続しているというＤＮＡです。
両端のLinker配列は発現ベクターに組み込むために使います。

このような繰り返し配列を持つＤＮＡはどのようにして作製されていますか？

配列Ａと配列Ｂを合成して、これらをライゲーションで繋げていくのが良いのでしょうか。。。

詳しい方がおりましたらご教示いただけますと幸いです。
どうぞよろしくお願いいたします。
　

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No.10470-8 - 2022/05/26 (木) 14:02:25 - Miq

文章ではわかりにくいかもしれませんが、

Linker1-A-A-A-A-(A)
(A)-A-A-A-A-(Linker2)
(Linker2)-B-B-B-B-(B)
(B)-B-B-B-B-Linker

3のように4つのフラグメントをオリゴ（ペア）で合成します。

カッコ部分の配列で、uniqueなoverhang (sticky ends) ができるように設計します。

オリゴペアをペアごとにリン酸化したあと、アニールして、4ペアを混ぜてベクターにライゲーションします。

これで入るとは思いますが、出来たプラスミドが大腸菌で不安定である可能性は高いでしょう。また、配列解析も難儀しそうです。

(無題)

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No.10470-7 - 2022/05/23 (月) 12:57:27 - 通りすがり

繰り返し配列を10個持つ配列をgenscriptで合成してもらったことがあります。
遺伝子合成を行っているところが何社かありますが、
複数社に投げられましたか？
他社で断られた配列でもできる会社があったりします。

(無題)

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No.10470-6 - 2022/05/20 (金) 15:14:19 - asan

リピート配列の間に何か入ってもいいならGolden gate assembly などの方法をうまく使えばいけるんじゃないすかねー。

(無題)

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No.10470-5 - 2022/05/20 (金) 10:57:18 - 杏里

配列Aの一部にその逆相補鎖があると、配列Bは配列Aと同じになり、
取り得る高次構造はフラクタルになるね。