全10件 ( 1 〜 10 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.10451-10 - 2022/05/16 (月) 16:47:36 - SYBR master >[Re:1] Hitsujiさんは書きました : > その後、マルチスクリーンによるPCR産物を精製し 私が知っているだけで、「マルチスクリーンによるPCR産物」は3種類(シリカカラム系、セファデックスの濾過系、限外濾過系）が有るのですが、どれを使用したんでしょう。いずれにせよ、96 well系で行っているのかもしれませんので、一般的な精製キットではランニングコストが高くつくと思います。 > 16SrDNAを目的にシーケンスしています。シーケンスによって得られる波長が弱すぎて信憑性に欠けます。 シークエンスクロマトが低く出る原因は、 「PCR時のdNTPsの持ち込み」と考えられています。PCR産物の精製手法か、protocolを確認してみてください。 自分的には、「マルチスクリーンによるPCR産物」および「Xterminatorによる精製」は、96 well formatでも非常に高コストに思えます。

(無題) 削除/引用 No.10451-9 - 2022/05/15 (日) 08:06:11 - TK-1 ＞　キットなんか安いんだから、トラブルシューティングに時間を浪費するよりよほどいいと思う。時間は買うもんですよ。 別のスレと間違えました。無視してください。

(無題) 削除/引用 No.10451-8 - 2022/05/14 (土) 10:14:08 - Tk-1 キットなんか安いんだから、トラブルシューティングに時間を浪費するよりよほどいいと思う。時間は買うもんですよ。

(無題) 削除/引用 No.10451-7 - 2022/05/11 (水) 09:55:37 - 海藻 まあ、ご本人からの情報を待ちましょうよ。

(無題) 削除/引用 No.10451-6 - 2022/05/11 (水) 09:48:57 - G25 PCRは阻害されていないようだし、 二次構造による泳動の干渉は「シグナルが弱くなる」という症状とは合わない、 けどね。

(無題) 削除/引用 No.10451-5 - 2022/05/10 (火) 22:12:38 - が 16SrDNAのヘアピン構造がサンガーシーケンスの泳動＆PCRを阻害します。 shRNAなどの単純なヘアピンでも通常のサンガーシーケンスでは読みにくいです。 Azentaなどの外注会社は、難解シーケンスにも対応していますし、すごく綺麗なデータを出してくれます。 初回6000円分無料を利用すればタダでできるでしょう。

(無題) 削除/引用 No.10451-4 - 2022/05/10 (火) 15:48:21 - G25 「波長が弱い」とは理系らしからぬおかしな表現。 波長は長い短い 「（シグナル）強度が低い」 「波高が低い」 or whatever

(無題) 削除/引用 No.10451-3 - 2022/05/10 (火) 15:44:01 - G25 >マルチスクリーンによるPCR産物を精製し そのあとの、収量は十分でしょか。テンプレート量が妥当であることはなんらかの方法で確認していますか？ 私なら、（PCR後のEPは割愛してでも）PCR産物精製後に泳動して、産物の正しさを確認し、マーカーとの比色で量を見積もります。

(無題) 削除/引用 No.10451-2 - 2022/05/10 (火) 15:14:35 - 88 templateが濃すぎるとか

シーケンス結果のDNA波長が弱すぎる 削除/引用 No.10451-1 - 2022/05/10 (火) 15:07:40 - Hitsuji 16SrDNAを目的にシーケンスしています。シーケンスによって得られる波長が弱すぎて信憑性に欠けます。 方法はDNA抽出後PCR反応し電気泳動(この時点ではっきり濃くバンドが出ています)。 その後、マルチスクリーンによるPCR産物を精製しBigDye3.1でのサイクルシーケンス後、Xterminatorでのシーケンスをしています。 何かアドバイスなどありましたら宜しくお願いします。

全10件 ( 1 〜 10 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---