Bio Technical フォーラム

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データベースのFPKMを比較する トピック削除
No.10434-TOPIC - 2022/04/29 (金) 17:25:40 - qx
データベース上に存在するデータを元に、FPKMを比較したいと考えていますが、methodがそれぞれ異なります。比較していいのでしょうか。

TCGAのデータも、methodが異なるのに、比較されている図をよく見ますが、FPKMというnormalized valueを使えば、比較してもいいのでしょうか。

さらにsingle cell seqとbulk-RNAseqの比較は可能なのでしょうか。
　
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(無題) 削除/引用
No.10434-3 - 2022/05/06 (金) 18:04:56 - juyoutai
FPKMはサンプル間比較はできません、サンプル毎にFPKMの和が異なるので。
サンプル間比較する場合にはTPMですね。

(無題) 削除/引用
No.10434-2 - 2022/04/30 (土) 02:52:55 - あの
当方も専門家では無いので、詳しい方に教えていただきたいのですが、
最近は、FPKMとかRPKMではなく、TPMを使う方が良いとされているようです。


シングルセルとバルクの比較は、普通に考えれば無理そうですが、、

データベースのFPKMを比較する 削除/引用
No.10434-1 - 2022/04/29 (金) 17:25:40 - qx
データベース上に存在するデータを元に、FPKMを比較したいと考えていますが、methodがそれぞれ異なります。比較していいのでしょうか。

TCGAのデータも、methodが異なるのに、比較されている図をよく見ますが、FPKMというnormalized valueを使えば、比較してもいいのでしょうか。

さらにsingle cell seqとbulk-RNAseqの比較は可能なのでしょうか。
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