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マルチクローニング
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No.10430-TOPIC - 2022/04/28 (木) 20:59:30 -
時は金なり
大学院生です。
今、DNA12断片を1つに繋げようとしていて、一度にマルチクローニングする、もしくは段階的に複数断片ずつ繋げていくことを考えています。
そこで、相同配列を利用して複数のDNA断片を繋げたい場合、in-fusion、NEBuilder、Gibson assemblyなどのクローニングシステムが挙げられますが、どれが1番効率が良いでしょうか。
最終的なプラスミドのサイズは20kb近くになりそうです。
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No.10430-4 - 2022/04/29 (金) 00:57:24 - おお
こういうのは同じようなサイズ、ピースの数のクローニングでも同じシステムをつかってあるものはうまく行ったり、他のものはうまくいかなかったりするものです。なのでどれが優れているというのは意外と結論が出ませんし、人によって言うことが違ったりします。
末端に共通配列(オーバーラップ)があるなら以下のようにPCRでつなげる手法も一時はよくやられていたと記憶します。
https://openwetware.org/wiki/PCR_Overlap_Extension
まあ、効率にこだわっているようですし、効率が良いほどあたりが出る確率が高くなるでしょうけど、1つだけあたりのクローンを見つけた段階で成功ではあります。
(無題)
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No.10430-3 - 2022/04/28 (木) 22:01:46 - 独り言
比べたことないけど、Gibsonをいつも使っていて効率がいいなぁと思ってます。4,5断片までならGibsonで問題なく、効率的に取れている。
ちなみに、それって全長で何ベースなんですか?
もし2000−3000bp程度なら、むしろ私なら、遺伝子合成しちゃう。gBlockなら3,4万円ぐらいでしょ。
(無題)
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No.10430-2 - 2022/04/28 (木) 21:05:18 - あかね
いずれの方法でも12断片をassembleするのはかなり難しいと思っていいです。
Golden Gate assemblyかOriciroのassemble systemを強く勧める。
マルチクローニング
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No.10430-1 - 2022/04/28 (木) 20:59:30 -
時は金なり
大学院生です。
今、DNA12断片を1つに繋げようとしていて、一度にマルチクローニングする、もしくは段階的に複数断片ずつ繋げていくことを考えています。
そこで、相同配列を利用して複数のDNA断片を繋げたい場合、in-fusion、NEBuilder、Gibson assemblyなどのクローニングシステムが挙げられますが、どれが1番効率が良いでしょうか。
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