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(無題) 削除/引用 No.10398-4 - 2022/04/15 (金) 23:25:54 - おお いろいろ否定的な事を書きましたが、えいやーとやってしまうというのも、研究者のある意味技量だったりスタイルだったりもします。 そのヘテロダイマーがその蛋白について主要な役割を担うものという通説があったとしても、単品でやってみて新たな機能が見いだせるかもしれません。またむかしむかしゲノムプロジェクトもなく研究者が個別に新規遺伝子をクローニングするといった時代にはヘテロダイマーになるという事も見つかってない段階で過剰発現したりしてその機能を探っていたりというのもあったと思います。もう少し幅を持って考えると蛋白はたいてい他のタンパクと相互作用しながら下流に影響を与えていて、ある蛋白を過剰発現しても相互作用する蛋白は増えるわけでもないかもしれないのに、タンパク質の機能にかんする現象が見れたりもします。 また仮にヘテロダイマーでなく単品の蛋白を過剰に加える事により、ヘテロダイマーの機能をブロックする可能性もあります。網羅的解析ではブロックされても、活性化されても変化が把握できるわけだから（上に振れるか下に振れるかののちがい）、どんな生理的な現象に関係しているかの結論が出る可能性はあると思います。 細かいことを開示したくないという所もあってこういう質問になっていると思いますが、ネガティブな観点、ポジティブな観点両方を考慮した上で判断されるといいかと思います。

(無題) 削除/引用 No.10398-3 - 2022/04/15 (金) 12:29:05 - てて > 2つの細胞の結合した際に発生するシグナル伝達を調べていて、 ここがよくわかりません 細胞じゃなくタンパク質ですか？ それともヘテロダイマーを2つの細胞種で試した時のシグナル伝達の違いを知りたいということですか？ 質問に戻りますと、やりたいことがタンパク質を細胞に振りかける実験だろうと予測した上で、タンパクによるのでなんともいえませんが、何点か考える必要があります。以下にパッと思いついた疑問を列挙します 1. ヘテロダイマーを作るのは細胞外ですか？中ですか？膜上ですか？細胞の中であるのであれば振りかけでよいのですか？ 2. その振りかけたいタンパク質はヘテロダイマーを作る以外に機能はないですか？振りかけるからにはそれなりの濃度のはずですので、シグナルを追ったとしてそれがヘテロダイマーを作ったことによるものであることを証明する必要があると思います 3. 振りかけによってヘテロダイマーが作られたことまず最初に確認しなければならないと思いますが、それをどのように確認しますか？ 4. そのタンパク質は内在性にヘテロダイマーを作りますか？また単体で機能を持ちませんか？ なんこか似たことを書いたかもしれませんし他にも考えることはあると思います 定常状態でヘテロダイマーを作ることがわかってるのであり、かつそのヘテロダイマーになるために必要なドメインがわかっていれば、お互いのプロテインをドメインのないものとナイーブなものを強制発現して比較するだけで十分かもしれません ある条件下でのみヘテロダイマー化するのであればその条件をKDかあるいは上記の強制発現系で比較すらば良いかもしれません 膜タンパク質と細胞外タンパク質とのダイマー化であれば仰るような実験でも良いかもしれません

(無題) 削除/引用 No.10398-2 - 2022/04/15 (金) 03:30:39 - おお なんともいえませんねぇ。。。 細胞に振りかけるということは分泌される蛋白なんでしょうか？ あなたの興味ある方の蛋白が他の蛋白とヘテロダイマーを形成して機能するなら、片方だけを加えて機能するの？ということだと思います。ただダイマーにあるべくパートナーが細胞表面に存在するとかだとわからなくはないです。 片方だけでももしかしたら何らかの事は起こるかもしれません。でもそれは何らかの実験データーに基づいて考えるべきことだとも思います。予備的に片方だけかけて、既知の下流を見てみるとかならわからないでもないです。 実験は無意識にやっているものでも基本作業仮説があってそれを検証するような実験を組むことが基本だと思います(もちろん観察ベース、勘違いなどからの発見など否定はしませんけど)。片方だけ入れるとしてそれはどんな作業仮説に基づいているのですか？あるいは作業仮説が建てられますか？ ＞他に何か方法はありますでしょうか。 実験自体抽象的すぎてSuggestionできません。 シグナルカスケードを探るのは普通分泌するような因子をかけた場合、たんぱく相互作用やリン酸化などを経て遺伝子発現に至る経路を見るように思えますが、RNA-seqで遺伝子発現をみて、かけた因子から遺伝子発現の間のカスケードを探ろうということでしょうか？できるかどうかは知りませんが、RNA-seqしたあと更にその上流を探る実験をしないといけませんよね。

ヘテロダイマーを作るタンパク質の解析 削除/引用 No.10398-1 - 2022/04/15 (金) 02:24:02 - CDC ヘテロダイマーを作るタンパク質の解析を行っています。 興味があるのはこのうち1つのタンパク質のみです。このタンパク質のシグナルカスケードを調べたいのですが、一方のタンパク質のみを振りかけて、RNA-seqを行って、differentially expressed geneを調べることは合理的でしょうか。他に何か方法はありますでしょうか。 2つの細胞の結合した際に発生するシグナル伝達を調べていて、外部刺激にどう反応するかを調べているので、基本的にはRNAiでの阻害はできない状態です。

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