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リアルタイムPCRのサンプル調整後すぐに測定できない場合 トピック削除
No.10390-TOPIC - 2022/04/11 (月) 17:35:08 - TK
リアルタイムPCRのサンプルを調整後、測定始めるまでに長時間おいていても問題ないでしょうか?

リアルタイムPCRをかけたいのですが、自研究室内に装置がなく外部機関の利用を検討しています。ただ現地での調整作業ができないため、自研究室内で調整したものを持ち込むことを計画しています。
この場合、移動時間が約1時間+1日で複数プレート測定したいので最後のプレートではさらに2時間以上は調整後に放置されることになります。
測定はSYBR Green系です。

サンプル調整後に長時間おいたのちに測定した経験のある方がいらっしゃいましたら、ご助言いただけると助かります。
よろしくお願いします。
 
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No.10390-8 - 2022/04/12 (火) 14:32:09 - G25
保存中に液がハネたり結露したりしてキャップが汚れたりすると読み取りに干渉しそうでちょと気持ち悪い。そういうことがないように保存したり運搬するのなら、プラクティカルには問題ないと思う(どうせ標準に対する相対値で評価するのだし)。

(無題) 削除/引用
No.10390-7 - 2022/04/12 (火) 14:11:34 - SYBR master
個人的には、4度で1日「アルミホイルで遮光して放置」した物を翌日、2stepのRT-qPCR解析した経験があります。

また、qPCRはキャリブレーションキットというのが、現ThermoFisher(前ABI)から出ています。これらは試薬がmixされた状態で、遮光した状態で-20度で輸送されてきますので、−20もしくは4度で「遮光」して保存しておけば大丈夫だと思います。

One-step RT-qPCRが可能かどうかは経験が無いので判りません。

(無題) 削除/引用
No.10390-6 - 2022/04/12 (火) 14:03:20 - TK
皆様、参考になるレス大変ありがとうございます。

サンプル調整とはプレートにサンプルを入れるところまでのことです。
また、cDNAをqPCRにかけます。
そして残念ながら現地でのサンプル調整は厳しい状況です。

4℃で遮光してしっかり密封しておけば数時間程度なら何とかなりそうですね。
ただ念のため、移動直前に調整したサンプルと一晩おいたサンプルで比較してみようかと思います。

(無題) 削除/引用
No.10390-5 - 2022/04/12 (火) 13:11:05 - cvfgvy
夜plateにsampleいれてreaction mix作って、カバーして4℃に入れて、翌日の朝qPCRしてる人は何人かいました。時々そうしてたし、それで特に問題が起きた様子もなかったです。ただ液量が少ないので蒸発しないようにしっかりカバーしたほうがいいとは思います。

(無題) 削除/引用
No.10390-4 - 2022/04/12 (火) 03:16:39 - おお
サンプルはRNAを加えてOne-stepで行うものですか?
それともcDNAを予め作っておいて、それをqPCRにかけるのでしょうか?
前者なら調製してすぐに測定したほうがいい気がしますが、まあWellにいれるとかの作業でもまあまあの時間がかかるでしょうから、、、どんなもんでしょうかね。

cDNAをサンプリングするのであれば個人的にはそんなに変なことは起こらないのかと思いますが、検出系によって違うかもしれません。

>2) 移動中に揺れてしまいサンプルが跳ねてしまうと台無しです。
ふたしている状態だとして、現地で遠心(Spin down)ができればいいのかなぁとおもいます。

(無題) 削除/引用
No.10390-3 - 2022/04/12 (火) 02:49:55 - も
現地で作業できないという点から、プレートにサンプルを入れるところまでを自分のラボでするものだと思っています。

プレートにサンプルを入れた後、アルミをかけて冷蔵庫で保存というのはたびたび見かけます。

したがって、以下3点ができるのであれば問題ないと思っています。
1) SYBRは光に弱いです。
2) 移動中に揺れてしまいサンプルが跳ねてしまうと台無しです。
3) 至適温度は存じあげませんが、4C(あるいはそれ以下)で冷やしてください。

しかし、現実的にはかなり難しいでしょう.... 頭を下げて現地で実施させてもらうことを強く勧めます。

(無題) 削除/引用
No.10390-2 - 2022/04/12 (火) 01:27:10 - おお
あなたのおっしゃっているサンプル調製とは、PCR用プレートにサンプルを入れるところまでを言っているのですか?

リアルタイムPCRのサンプル調整後すぐに測定できない場合 削除/引用
No.10390-1 - 2022/04/11 (月) 17:35:08 - TK
リアルタイムPCRのサンプルを調整後、測定始めるまでに長時間おいていても問題ないでしょうか?

リアルタイムPCRをかけたいのですが、自研究室内に装置がなく外部機関の利用を検討しています。ただ現地での調整作業ができないため、自研究室内で調整したものを持ち込むことを計画しています。
この場合、移動時間が約1時間+1日で複数プレート測定したいので最後のプレートではさらに2時間以上は調整後に放置されることになります。
測定はSYBR Green系です。

サンプル調整後に長時間おいたのちに測定した経験のある方がいらっしゃいましたら、ご助言いただけると助かります。
よろしくお願いします。

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