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IGVを使ったマッピング結果の可視化で
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No.10383-TOPIC - 2022/04/07 (木) 10:30:47 - Dry解析
IGVでマッピングしたbamを可視化する時に、表示された結果はフォワードとリバースの双方の結果ですが、例えばリバース側のものだけを表示することって可能でしょうか?欲を言えば画面に表示される遺伝子名もリバース側の方の遺伝子の名前やエクソンイントロンを表示してほしいのですが、どうすればいいのでしょうか?
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No.10383-2 - 2022/04/07 (木) 10:56:15 - seventh
リバースといってもゲノムに対してなのか遺伝子に対してなのかで意味が変わってきます。
ゲノムに対してなら右クリックメニューやbamをflagでsplitなどで対応出来ます。
遺伝子の場合は遺伝子外領域や境界などの扱いにもよるのでその情報のみではむずかしいのでは。ただアノテーションについては読み込ませるgff3やbedのファイルを修正すれば片方だけ表示することは可能です。
IGVを使ったマッピング結果の可視化で
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No.10383-1 - 2022/04/07 (木) 10:30:47 - Dry解析
IGVでマッピングしたbamを可視化する時に、表示された結果はフォワードとリバースの双方の結果ですが、例えばリバース側のものだけを表示することって可能でしょうか?欲を言えば画面に表示される遺伝子名もリバース側の方の遺伝子の名前やエクソンイントロンを表示してほしいのですが、どうすればいいのでしょうか?
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