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ウエスタンの非特異バンドについて トピック削除
No.10334-TOPIC - 2022/03/11 (金) 11:35:28 - ウエスト
いつも参考にしています。

同じ細胞でも抗体の種類が変わると非特異バンドが出たりするのですが、目的のバンド位置と離れている場合、無視してもいいのでしょうか?
あまりお金のない研究室なので抗体を数種類購入して試すのが厳しいです。

何かご意見頂けますと幸いです。
よろしくお願いいたします。
 
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No.10334-8 - 2022/03/16 (水) 00:01:38 - b
メンブレン全部出して、アスタリスク付けて リジェンドにnon-specific signalとかunknown signalとか注釈入れとけばいいのです。論文の基本的なスタンスとして、どうにも判断つかないものはとりあえず見せた上で、あとは読者の皆さんの考察に任せるということで良いと思います。多少なりとも勉強してる読者ならばスプライシングバリアント産物かなとかdegradation産物かなとか、分子量がシフトするようなposttranslational modification (Ub化、SUMO化ーーーーー)かなとかいろいろ考えて、そこから新しい着想を得ることもできるので、そうした誠実なプレゼンテーションの仕方は(『俺の話を聞いてくれ』系のうっとおしい論文と比べたら)みんなの役に立つし、ジャーナルとしてもありがたいことだと思います。

バンドの位置との離れ具合でどうこうという判断は科学的ではありません。

(無題) 削除/引用
No.10334-6 - 2022/03/15 (火) 19:28:05 - EEE
横から失礼します。

例えば、バンドが3つ見えて、明らかに2つのバンドが非特異的と判断したら、論文には最後の1つだけ切り出しして、乗せて問題ないんでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.10334-5 - 2022/03/15 (火) 01:32:29 - おお
>同じ細胞でも抗体の種類が変わると非特異バンドが出たりするのですが、

すでにこのデーターがあるならそれをもとにそのExtraバンドが特異的ではないという示唆にはなると思います。

(無題) 削除/引用
No.10334-4 - 2022/03/11 (金) 14:13:20 - ウエスト
s様
早速ご意見ありがとうございます。
それが根拠になるのですね。

G25様
ポリクロでもモノクロでも出るときがあります。
前吸収という方法を初めて知りましたので、できそうなら試してみたいと思います。
トリミング無しの画像も出す必要があるのですね。
s様の仰る、ノックダウンして非特異バンドに変化がないことを証明しなければならなさそうですね。

(無題) 削除/引用
No.10334-3 - 2022/03/11 (金) 13:08:21 - G25
モノクロか、ポリクロか?

ポリクロであれば、標的だけを認識するIgと、それ以外も(それ以外を)認識するIgが混交している可能性がある。前吸収して後者を選択的に除去すると、特異性が上がるかもしれない。

吸収剤としては、同種の組織で標的タンパク質を発現していないもの、あるいは標的タンパク質をノックアウト/ダウンした細胞のエクストラクト(例えばアセトン沈殿)があればいいが、なければ、同じ組織でも効果がある場合もある(往々にして非特異的なIgは、豊富にある有象無象のタンパク質にくっついて除去されやすい)。

標的タンパク質のエピトープだけでなく、もともと他のタンパク質にもあるエピトープも同時に認識してしまうようなモノクロや、そういうIgしか含まないポリクロだと、この手はつかえないけど。


>無視してもいいのでしょうか?

単純に無視するのはあかん。それが非特異的反応であることを示す説得力ある根拠を用意しなければ。

昔は、見たい、見せたいバンド付近だけトリミングして論文に載せるということも大目に見られていたけれど、今じゃ、本文でそうやっても、、supplementや査読者向けの補足資料にトリミング無しの画像も出さなきゃならなくなっている。非特異的バンドが見えていたら、それが非特異的バンドであると説明できるだけの材料はほしい。

(無題) 削除/引用
No.10334-2 - 2022/03/11 (金) 11:41:35 - s
ノックダウンして非特異バンドのほうは全然変化がないなど、ある程度の根拠があれば無視しています。

ウエスタンの非特異バンドについて 削除/引用
No.10334-1 - 2022/03/11 (金) 11:35:28 - ウエスト
いつも参考にしています。

同じ細胞でも抗体の種類が変わると非特異バンドが出たりするのですが、目的のバンド位置と離れている場合、無視してもいいのでしょうか?
あまりお金のない研究室なので抗体を数種類購入して試すのが厳しいです。

何かご意見頂けますと幸いです。
よろしくお願いいたします。

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