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Gene symbolの一覧からNameの一覧をえたい トピック削除
No.10321-TOPIC - 2022/03/07 (月) 18:36:26 - はなこ
どうぞよろしくお願いいたします。

Gene symbolの次のような一覧（エクセルかテキストファイル）から、Gene Nameの一覧をダウンロードできる無料サイト（あるいはフリーウェア）はないでしょうか？

　PRSS27
　IGFBP4
　ZNF300
　TERT
　TNNT1
　、、、
　SLC29A4
　KCNK4
　SPAG5

から次のような一覧をえる

　PRSS27　serine protease 27
　IGFBP4　insulin like growth factor binding protein 4
　ZNF300　zinc finger protein 300
　TERT　telomerase reverse transcriptase
　TNNT1troponin T1, slow skeletal type
　、、、
　SLC29A4　solute carrier family 29 member 4
　KCNK4　potassium two pore domain channel subfamily K member 4
　SPAG5　sperm associated antigen 5
　
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(無題) 削除/引用
No.10321-8 - 2022/03/08 (火) 17:42:15 - はなこ
情報を頂戴した皆様、どうもありがとうございました。
非常に助かります。

(無題) 削除/引用
No.10321-7 - 2022/03/08 (火) 16:39:48 - AA
RNAseqのDEG解析結果からアノテーションを作るのによく使うDAVIDのコンバージョンツールでも似たようなことができますが、こちらは動作がかなり軽快ですね。
対応がヒトだけなのがネックでしょうか。

Multi-symbol checker 削除/引用
No.10321-6 - 2022/03/08 (火) 16:13:11 - Multi-symbol+checker
サイト検索のご参考までに。（簡単すぎる…）

１）Googleで、「gene symbol」と入力。
２）予測変換が複数出てきた中から、
３）「gene symbol to gene name」を選んで検索すると、
４）そのtopに、このサイトが出現しました。
　Multi-symbol checker | HUGO Gene Nomenclature Committee

以上です。

(無題) 削除/引用
No.10321-5 - 2022/03/08 (火) 15:50:37 - AA
これ素晴らしいですね。
いつも、entrez IDにコンバートしてから再度直したりしてました。

(無題) 削除/引用
No.10321-4 - 2022/03/08 (火) 14:46:28 - G25
Wunderbar!

(無題) 削除/引用
No.10321-3 - 2022/03/08 (火) 14:01:15 - Multi-symbol checker
Multi-symbol checker
https://www.genenames.org/tools/multi-symbol-checker/

(無題) 削除/引用
No.10321-2 - 2022/03/08 (火) 12:03:40 - s
ワンステップではないのですが、https://www.genenames.org/download/custom/ からgene symbolとgene nameのcolumnだけのgenome全体のtableをダウンロードした後に、エクセルのvlookup関数で抽出するのではだめですか。

unix系cuiが使える環境なら、

awk 'FNR==NR{a[$1]++; next} {if(a[$1]) print $0}' gene_symbol_list symbol_name_table

みたいな感じでもできると思いますけど。

Gene symbolの一覧からNameの一覧をえたい 削除/引用
No.10321-1 - 2022/03/07 (月) 18:36:26 - はなこ
どうぞよろしくお願いいたします。

Gene symbolの次のような一覧（エクセルかテキストファイル）から、Gene Nameの一覧をダウンロードできる無料サイト（あるいはフリーウェア）はないでしょうか？

　PRSS27
　IGFBP4
　ZNF300
　TERT
　TNNT1
　、、、
　SLC29A4
　KCNK4
　SPAG5

から次のような一覧をえる

　PRSS27　serine protease 27
　IGFBP4　insulin like growth factor binding protein 4
　ZNF300　zinc finger protein 300
　TERT　telomerase reverse transcriptase
　TNNT1troponin T1, slow skeletal type
　、、、
　SLC29A4　solute carrier family 29 member 4
　KCNK4　potassium two pore domain channel subfamily K member 4
　SPAG5　sperm associated antigen 5
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