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タンパク質をsample bufferで処理した後に濃縮する方法 トピック削除
No.10293-TOPIC - 2022/02/26 (土) 21:42:29 - もも
タンパク質をsample bufferで処理した後に濃縮することは可能ですか?

WBを行う予定です。

遠心濃縮するとsamplebufferも濃縮してしまいますよね、、、

リカバリーが効かないsampleです。
 
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No.10293-6 - 2022/02/27 (日) 14:38:57 - LPS
サンプルレーンの長いゲルを自作してはどうでしょう。何倍くらいに濃縮したいのですか?

(無題) 削除/引用
No.10293-5 - 2022/02/27 (日) 11:32:14 - おお
>SDS入ってるし残念ですが一般的なタンパク質濃縮法ではどれもあまり見込みないと思うので

タンパクを沈殿させる方法論でTCAで酸性に振ったりカリウムイオンなどで沈殿するような条件ならSDSに持っていかれる可能性は低くなると思うのだが、、、


まあそれでもどれくらいロスするかはSDSがあろうと無かろうと未知数のところはあるでしょう(特にもともとのタンパク濃度によっても回収率が違うと思うし)。

スピードバックみたいなバキュームで水分を飛ばすというのがロスが少なそうだが、まあせいぜい半分くらいまでかなと思うし、(どう説明していいかわからないが)泳動もちょっと乱れるというか流れ方がいびつになることもよくある。
あるいはヒートブロックでボイルすれば揮発した水は上に逃げるので多少は減らせる。蓋を開けてやれば早いけど油断するとカラカラになっているかも。

(無題) 削除/引用
No.10293-4 - 2022/02/27 (日) 07:18:05 - あの
もしまだ試していないなら、

何もせずにそのままWBまで進めて、写真とるときに、
高感度で長時間露光した方が良さそうだけど。

すでに試してた場合で定量しない場合ならば、、、
沈殿させたいなら、コールドアセトン。ただしそのあと、
再度 サンプルバッファで処理し直しが必要で、抗体つくか
どうか怪しくて、途中の吸着ロスも大いにありえる。

(無題) 削除/引用
No.10293-3 - 2022/02/26 (土) 22:52:09 - egeria
BioradのRC DC protein assay kitを使うとSDS sample bufferからタンパク質を沈殿させることができます(マニュアルに記載あり)。本来はLowry法で定量するためですが、再度sample bufferに溶かせばSDS-PAGEにも使えます。TCAでかなり酸性に寄ってしまうので、pHにだけは注意が必要です。

(無題) 削除/引用
No.10293-2 - 2022/02/26 (土) 22:10:13 - HO
これはやってしまいましたね。たまにありますね。タンパク質濃度を考慮した液量の加減は大事ですね。SDS入ってるし残念ですが一般的なタンパク質濃縮法ではどれもあまり見込みないと思うので(やったらやったでロスとかの問題も出てくるので)、可能性あるとすれば分子量10K cutくらいのフィルター付き遠心濃縮チューブ(スピンカラム)による濃縮かなと思います。SDSが濃くなって粘性がでて途中から効率よく濃縮できないかもしれないですが、それ以外の方法よりはまだ見込みあると思います。温度が低いとSDS析出するので15~20℃くらいでの遠心を勧めます。

タンパク質をsample bufferで処理した後に濃縮する方法 削除/引用
No.10293-1 - 2022/02/26 (土) 21:42:29 - もも
タンパク質をsample bufferで処理した後に濃縮することは可能ですか?

WBを行う予定です。

遠心濃縮するとsamplebufferも濃縮してしまいますよね、、、

リカバリーが効かないsampleです。

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