ある条件で発現量が大きく異なる遺伝子群をRNA-seqにより見つけておりそのメカニズムを知りたいと考えています。差が大きいのでクロマチン状態が変化しているはずとATAC-seqをしましたが、いずれの遺伝子領域においてもATAC-seqのピークは両方の条件で同レベルで検出されており、差はなさそうな結果が得られました。考えれる可能性としては、
1)クロマチンは常に開いており、転写因子の量や活性によって転写制御を受けている
2)RNAレベルでの制御
かと思うのですが、どのように可能性を絞り込んでいったら良いか迷っており、良い実験がありましたらご教授願えませんでしょうか？
1)の場合、Nascent RNA-seqなどimmatureなRNAの定量が良いのか、pol2-IP-seqのようなより直接的に転写状態を見るのが良いか、お勧めの手法がありましたらお聞きしたいです。またプロモーター領域のモチーフ解析なども考えられますが、あまりクリアには絞れ込めない印象なのですがいかがでしょうか？HomerやJasperなどといった転写因子予測プログラムで良いものはありますでしょうか？
2)の場合の共通したRNA制御メカニズムを推測する実験手法は何かございますでしょうか？なお、対象が培養細胞ではなく組織なので何らかの標識+タイムコースでRNA分解を見るSequencingなどの手法が使えない状態です。
また、クロマチン変化を伴わずに多くの遺伝子の発現量が転写レベルで大きく変わることは考えにくい、ゆえにRNA制御だろう、など経験的な感触でも結構ですのでアドバイス頂けましたら幸いです。 |
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