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培地の血清を抜いて処理する理由 トピック削除
No.10270-TOPIC - 2022/02/20 (日) 16:16:40 - ECC
とある培養細胞にタンパク質を振りかけて、RNA-seqで遺伝子発現を比較する予定です。

過去の文献を見ると、血清を抜いて、タンパク質がある状態とない状態にして、遺伝子発現を比較しているのですが、何故血清を抜くのでしょうか?

タンパク質と血清の相互作用を懸念しているのでしょうか?あるいは飢餓状態にして反応が出やすくしているのでしょうか?


血清ありと比較するわけではないのですが、少なくとも血清を抜くことで、細胞が何かしらの飢餓状態に変化するはずなので、飢餓状態による変化とタンパク質振かけの効果の2種類が同時に起こるので、少し気持ちが悪いのですが、、、
 
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No.10270-4 - 2022/02/22 (火) 08:26:02 - おお
>タンパク質と血清の相互作用を懸念しているのでしょうか?あるいは飢餓状態にして反応が出やすくしているのでしょうか?
どちらかと言えば後者だと言えます。もちろん前者を懸念するべきタンパクもあるかもしれません。


加えるものによると思いますが、例えばMAPKなどを刺激するようなGrowth factorsはMAPKのリン酸化状態を低く抑えるために血清飢餓状態にしてから加えることで顕著なリン酸化の変化を見ることができる場合もあります。同時に血清にはMAPKを活性化するような因子が複数存在しているのも確かです。

(無題) 削除/引用
No.10270-3 - 2022/02/21 (月) 05:23:16 - プラスミド
RNAseqの検討かどうかとは無関係に、成長因子系のシグナル伝達をおとしておくために、血清を抜いておく(スターベーションをかける)というのはよくあることと思います。
BSAを入れておき、スターベーションによる細胞へのダメージを減らすという方もいらっしゃるようです。

(無題) 削除/引用
No.10270-2 - 2022/02/20 (日) 21:33:39 - ふらいむ
そのタンパク質がなにかはわかりませんが、
血清中に含まれている可能性はないのですか?

細胞に与える刺激とベースラインのシグナル活性を最小にし、
タンパク質が与える効果を観測するという点では、
血清飢餓もよくある選択だと思います。

培地の血清を抜いて処理する理由 削除/引用
No.10270-1 - 2022/02/20 (日) 16:16:40 - ECC
とある培養細胞にタンパク質を振りかけて、RNA-seqで遺伝子発現を比較する予定です。

過去の文献を見ると、血清を抜いて、タンパク質がある状態とない状態にして、遺伝子発現を比較しているのですが、何故血清を抜くのでしょうか?

タンパク質と血清の相互作用を懸念しているのでしょうか?あるいは飢餓状態にして反応が出やすくしているのでしょうか?


血清ありと比較するわけではないのですが、少なくとも血清を抜くことで、細胞が何かしらの飢餓状態に変化するはずなので、飢餓状態による変化とタンパク質振かけの効果の2種類が同時に起こるので、少し気持ちが悪いのですが、、、

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