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質量分析する場合の電気泳動層の洗浄
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No.10247-TOPIC - 2022/02/11 (金) 10:30:30 - ポポ
あるタンパク質を質量分析にかける予定です。
ケラチンのコンタミがいつも問題になりますが、泳動層の洗浄はどうしていますか?
ケラチンのコンタミを減らすためにしている工夫は何かありますか?
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No.10247-4 - 2022/02/12 (土) 11:58:33 - xcfぎ
ケラチンの除去は現実的に不可能です。空気中にも微細なホコリにくっついて舞ってますし。既成ゲルで市販buffer使って、グローブしてと、かなりケアしてもあまりというかほとんど改善しませんでした。なのでケラチンはBGとして必ずあるものと割り切ってやってます。おそらくみなさんそうではないでしょうか。ただ研究対象がケラチンだとこの問題は非常に困りますね。皮膚関連のプロテオミクス 研究してる人に聞いてみれば何か良い対策を知ってるかもしれません。どうしてもケラチンがあると困るというならば、培養細胞ならSILACのような方法で培養中にタンパク質を安定同位体で代謝ラベルすれば外から入ったタンパク質と内在性のタンパク質はMSの上で識別できると思います。
(無題)
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No.10247-3 - 2022/02/11 (金) 21:06:58 - qq
1)ゲルを作るのであれば、APSを入れたあとで手早く滅菌フィルタに通してゲル板に注ぎ込む。
2)ゲル(PVDF膜)を切り出す際に余分なゲル(PVDF膜)を入れない。
3)ケラチンは入るものだと諦めて、マスのスペクトルからヒトのケラチン(KRT1,KRT10,KRT9)のピークを予めフィルターで除去する。
(無題)
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No.10247-2 - 2022/02/11 (金) 19:30:13 - あの
久しくその手の実験はしていませんが、
以前に実施していたラボでは、
ウールの毛糸は着ない
遠心分離機は他目的とは別にする
洗い物は、たしか普通の洗浄法だったと思うけど、よくすすぐ。
気になるなら、エタノールかメタノールでもリンスする
だったように記憶しています。
質量分析する場合の電気泳動層の洗浄
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No.10247-1 - 2022/02/11 (金) 10:30:30 - ポポ
あるタンパク質を質量分析にかける予定です。
ケラチンのコンタミがいつも問題になりますが、泳動層の洗浄はどうしていますか?
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