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(無題) 削除/引用 No.10235-5 - 2022/02/08 (火) 17:20:10 - あかさたな 必要ならね

(無題) 削除/引用 No.10235-4 - 2022/02/07 (月) 17:57:36 - s ファージやバクテリアならともかく、高等動物のゲノムサイズでは無理なのでは。 BigDye3.1のマニュアルによると、バクテリアのゲノムDNAを直接鋳型にするときは2~3μg分使え、とのこと。その3オーダー上のDNA量を1反応に入れるのは現実的ではないでしょう。S/N比を考えれば更に難しい気がします。

(無題) 削除/引用 No.10235-3 - 2022/02/07 (月) 17:18:22 - noname Genome抽出→Genotyping PCR→産物を鋳型にSequencingの流れでよくやっていますが、 ヘテロの個体で一塩基の欠損でも検出できています。 欠失が入らなかった可能性が高いのではないでしょうか。 それかPCRのプライマー設計をもう一度確認してみるとか。 ちなみに、読んでいる配列の長さはどれくらいですか。 Genomeからダイレクトにシーケンスすることもできると思いますが、どれくらい精製してるかにもよります。

(無題) 削除/引用 No.10235-2 - 2022/02/07 (月) 16:10:25 - シークエンス 補足です。 変異ヘテロの個体からDNA を抽出したので、数塩基の欠失があればその分だけシークエンスがずれてダブルピークになるため、どこに何塩基の欠失が入ったのかが分かります。

シークエンス前に PCR による増幅は必要か 削除/引用 No.10235-1 - 2022/02/07 (月) 16:09:04 - シークエンス ゲノム DNA を抽出後シークエンスを行う場合、目的領域を含む領域をPCR で増幅しなくてもシークエンスに必要な DNA は回収できますか？今回、あるサンプルについて目的領域をPCR で増幅してからシークエンスしましたが、数塩基の欠失があると予想していたのにそれが検出できませんでした。PCR の過程で何らかのバイアスが掛かったのかとも思います（その可能性は低いはずですが）。欠失が入らなかった可能性もあるため、PCRでバイアスが掛かったのか、本当に欠失が入らなかったのかを考察したいです。

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