全2件 ( 1 〜 2 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.1023-2 - 2012/10/15 (月) 10:08:37 - アダプター 私のつたない頭脳と知識で考えてみますと アダプターAを 5'A-- 3'X-- アダプターBを 5'Y-- 3'B相補-- と設定します。Forked adaptorでABはPCR primer配列です。 AだけがターゲットDNAとライゲーションすると 5'A--X 3' 3'X--A 5' となり、プライマーがアニーリングする配列がなく増えません。 BだけがターゲットDNAとライゲーションすると 5'Y--　--'B相補3' 3'B相補--Y'5' となり、アニーリングサイトが増加しない直線的増幅になります。 AとBとがターゲットを挟んでライゲーションすると 5'A----'B相補3' 3'X----Y'5' となり、この場合のみA相補鎖の形成により2サイクル以降対数増幅します。 もう少し洗練した方法がありそうなのですが、まだ思い浮かびません。

アダプターの組み合わせはどうして決まる？ 削除/引用 No.1023-1 - 2012/10/15 (月) 09:33:54 - アダプター いつも大変お世話になっております。 イルミナシークエンサー用のトランスポゾンを用いないライブラリ作成キット(イルミナ製、NEB製）はcDNAの突出Aにアダプターの突出Tがライゲーションします。この時点ではインデックス1とインデックス2（又はユニバーサル）のうちの一種類がcDNAを挟んだような組み合わせもできるのではと思います。 しかしPCRをかけた後に、クローニングしてSanger法で確認すると、どのクローンも両方のアダプターを持っていました。PCRがForkedの構造を修正するのは分かります。両方向が同じアダプターの場合相補的配列により1本鎖DNAが自己ハイブリするので、ＰＣＲで増えにくい気もしますが、それだけでしょうか？ よろしくお願いいたします。

全2件 ( 1 〜 2 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---