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(無題) 削除/引用 No.10214-7 - 2022/01/30 (日) 13:48:16 - バリアント sさん ありがとうございます。 gtex知りませんでした。使ってみます。

(無題) 削除/引用 No.10214-6 - 2022/01/29 (土) 18:42:00 - s gtexのexon expressionでisoform expressionタブを見れば、バリアント毎、組織毎の発現マトリックスが表示されます。Refseq IDではなくて、Ensembl IDですが。

(無題) 削除/引用 No.10214-5 - 2022/01/29 (土) 14:54:11 - バリアント G25さん ありがとうございます。 仰るように、細胞種や組織によってもどれがメジャーなバリアントか違うかもしれませんね。 どうせ事前情報を調べるのなら、私が興味のあるサンプルに近いデータを選択して調べたほうがいいと思い出しました。 qPCRのプライマーの設計も、そういうエクソン毎の発現を参考にするのが良さそうですね。 独り言さん ありがとうございます。 私もアクセッションナンバーは登録順かなぁと何となく想像しています。 Uniprot、良い感じだと思いました。参考にしたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.10214-4 - 2022/01/28 (金) 15:00:08 - 独り言 アクセッションナンバーは登録された順だろうから、１がメジャーとは限らないかと思います。 Uniprotならそれぞれの遺伝子の配列のなかでどれが”canonical”なのか表記されているので、Uniprotを参考にしてます。

(無題) 削除/引用 No.10214-3 - 2022/01/28 (金) 14:06:00 - G25 どれがメジャなバリアントであるかなんてのは、細胞種や組織・発生段階なんかでも異なるんだから、統一的に序列をつけて並べることなんてできないだろうし、やっても意味ないんじゃないか？ RNA-seqやmicroarrayなどで解析した、いろいろなクライテリアのサンプル種別ごとの発現量をゲノム上にマップしたデータがデータベースにあったりするから、あなたの材料でも参考になるものもあるかもしれない。 全体の構造としてどのバリアントが多いとかはわからないかもしれないが、どのエクソンを含むものが多いかくらいはわかるかも。

メジャーなトランスクリプトバリアント 削除/引用 No.10214-1 - 2022/01/28 (金) 13:26:30 - バリアント NCBIのサイトで遺伝子を検索すると、NM_から始まるmRNAが引っかかりますが、トランスクリプトバリアントもしばしばたくさん見つかります。 最も代表的なトランスクリプトバリアントに着目したい場合、多くの場合はNM_の番号が最もシンプル（桁が少ない）で、variant 1とされているものが代表的なバリアントと考えていいのでしょうか？ 当然、各遺伝子によって若干事情は違うでしょうし本来は自分で一つ一つ調べるべきところなのでしょうが、百個近くの遺伝子のqRT-PCR用にプライマーを設計する必要があり、一つ一つ丁寧に見るのが面倒なので、「通常はvariant 1が最もメジャーなバリアントになるように設定されている」と分かれば大変助かります。 私が調べた範囲ではそのような記述を見つけることができなかったのですが、実際のところ、NM_の番号の小さい、variant 1がメジャーバリアントとして命名されているのでしょうか？（逆に、結構そうでない場合も多いのでしょうか？）

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