培養細胞を用いて、n＝3で、RNA-seqを行いましたが、結果のばらつきが非常に大きいです。
分化誘導をかけた上に、追加で処理を加えているのですが、同じように処理したつもりでも、遺伝子でも数倍の発現差が見られます。
そもそもRNA-seqと言う実験は大きなばらつきがある実験系なのでしょうか？
毎回コントロールを置いているのですが、コントロールも発現量が結構違っています（分化誘導のみで処理なしがコントロールです）。
発現差を補正するために、コントロール基準として、どれくらい上昇しているのかで、補正しようと考えているのですが、これはやってもいいのでしょうか？後から誰かに再現性を確認されると少し気分が悪いのですが。
またそもそもn＝３というのは、日を完全に変えた独立した実験にする必要があるのかも疑問に思ってきました。今まではサンプル数が多いので、分けたのですが、これをすると誤差が大きくなりますよね。 |
|
このスレッドをはてなブックマークに追加