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論文投稿時のデータのリポジトリ登録 トピック削除
No.10177-TOPIC - 2022/01/14 (金) 10:53:06 - kiki
論文の投稿準備を進めています。
簡単に私の研究を説明すると、物理的エネルギーを使って、細胞内に遺伝子を送達するための効率を調べるというDDS研究です。


その途中で
「Data availability statement 」(データ可用性ステートメント)
という項目がありました。

具体的には下記のような質問項目が示されています。
１．Does your manuscript include any of the following data?　(Yes/No)
「あなたの原稿には次のデータのいずれかが含まれていますか？」
　遺伝子/ゲノムの配列、遺伝子発現データ、タンパク質の構造データなど10項目程度が並んでいます。

私の研究では細胞内導入したレポータ遺伝子の発現結果が含まれます。
この場合、「遺伝子発現データ」という項目でYesなのか？と思います。

２．Has this data been uploaded to a repository, as per author guidelines? Please note that this data must be made publicly available prior to publication of the article.　(Yes/No)
「著者のガイドラインに従って、このデータはリポジトリにアップロードされていますか？このデータは、記事を公開する前に公開する必要があることに注意してください。」

今までの研究では自分のデータをリポジトリに登録したことがありません。

レポータ遺伝子の発現結果をリポジトリに登録するような方法があるのか分からないのですが、教えていただけないでしょうか。
　
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(無題) 解決済み 削除/引用
No.10177-6 - 2022/01/15 (土) 22:21:36 - kiki
egeria様

ありがとうございます。たしかによく読めばおっしゃるとおりですね。
元の文面では
-Gene expression data
-50 genes or more (deep sequencing or microarray)

で独立した別の項目のように書かれていますが、別項目として読むと50 genes or more (deep sequencing or microarray)が全く意味不明です。

両者をつなげて解釈すれば、納得いきます。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.10177-5 - 2022/01/14 (金) 17:59:08 - egeria
"50 genes or more (deep sequencing or microarray)"というのは"Gene expression data"にかかる説明ではありませんか？

NGSやマイクロアレイなどのトランスクリプトーム的な発現解析データがあるならリポジトリに登録しなさい、という指示のように見えます。

(無題) 削除/引用
No.10177-4 - 2022/01/14 (金) 14:09:18 - kiki
mlお様

なるほど、ありがとうございます。suplement dataとして付けるのですね。
今回ひっかかっているのは、物理的エネルギーなどの条件を変えて、ルシフェラーゼ遺伝子を導入し、発現したルシフェラーゼと基質の反応での発光強度を見ている、という実験です。

この場合、実験で得られた発光強度の生データを表みたいにして、添付するというので十分でしょうか。
あまり、そういった生データを載せているのは見たことがない気がするのですが。

(無題) 削除/引用
No.10177-3 - 2022/01/14 (金) 14:02:41 - kiki
具体的には下のような質問でした。

Does your manuscript include any of the following data?

・Genetic/genomic(DNA/RNA) sequence
・Metagenomic sequence
・DNA/RNA trace or short read sequencing data
・Genetic polymorphism dat
・Gene expression data
・50 genes or more (deep sequencing or microarray)
・Data linking genotype to phenotype
・Protein sequencing data
・Proteome profiling data
・Small molecule, protein, protein complex structural data
・Taxonomy data


そもそもこの場合の「遺伝子発現データ」というのは特定の内在遺伝子の発現データのことを示しているのであって、ルシフェラーゼやGFPなどの外来遺伝子を導入した場合のその発現を指しているのではないような気がしています。

未知の新規の遺伝子の発現を評価した、というわけではなく既知のレポータ遺伝子の発現を調べて、それをレポジトリ登録？というのはよく分からないのですが、何かヒントになる情報があれば、と思っています。

(無題) 削除/引用
No.10177-2 - 2022/01/14 (金) 13:56:56 - mlお
supplementary dataにして、Data availability statement には、〜の元データはsupplementary dataに入れましたのでそれをみてください、と書いておけばいいと思います。そういうのたまに見かけます。

論文投稿時のデータのリポジトリ登録 削除/引用
No.10177-1 - 2022/01/14 (金) 10:53:06 - kiki
論文の投稿準備を進めています。
簡単に私の研究を説明すると、物理的エネルギーを使って、細胞内に遺伝子を送達するための効率を調べるというDDS研究です。


その途中で
「Data availability statement 」(データ可用性ステートメント)
という項目がありました。

具体的には下記のような質問項目が示されています。
１．Does your manuscript include any of the following data?　(Yes/No)
「あなたの原稿には次のデータのいずれかが含まれていますか？」
　遺伝子/ゲノムの配列、遺伝子発現データ、タンパク質の構造データなど10項目程度が並んでいます。

私の研究では細胞内導入したレポータ遺伝子の発現結果が含まれます。
この場合、「遺伝子発現データ」という項目でYesなのか？と思います。

２．Has this data been uploaded to a repository, as per author guidelines? Please note that this data must be made publicly available prior to publication of the article.　(Yes/No)
「著者のガイドラインに従って、このデータはリポジトリにアップロードされていますか？このデータは、記事を公開する前に公開する必要があることに注意してください。」

今までの研究では自分のデータをリポジトリに登録したことがありません。

レポータ遺伝子の発現結果をリポジトリに登録するような方法があるのか分からないのですが、教えていただけないでしょうか。
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