>[Re:1] springさんは書きました :
> 植物のゲノムのメチル化をバイサルファイトシークエンスで調べようとしているのですが、バイサルファイト変換効率のコントロールを何でとるのが良いのか、非常に悩んでいます。
> 調べた範囲では、ミトコンドリアゲノム、葉緑体ゲノムを用いる、恒常的にメチル化されていない核内遺伝子を用いる、という例がありました。どれも用いた具体的配列は載っていませんでした。
> しかし、どれも絶対にメチル化されていない保証というのはないように思います。
メチル化といっても遺伝子内のすべてのCがメチル化されているわけではないと思えるので、マンマルではCpG(CGがよく出てくるGCリッチな部分)が主にメチル化されます。なので選んだ遺伝子のなんかしょかがメチル化されていてもされてないところも見つかるでしょうし、そんなに構えなくても良いのではいいかと思います。
どうしてもメチル化されてない根拠をもっておきたいなら、メチル化センシティブな制限酵素で切ってノーザンをして、メチレーションされてないか確認してはどうでしょうか。少なくとも制限酵素で切れるならその認識部位はされてないわけですからそこを指標にすればいいわけですし。
> PCR産物をバイサルファイト処理するサンプルにスパイクしようかと考えましたが、その具体的な例は見つかりませんでした。
>
PCR産物を使う分にはあまり問題を感じませんけど。量的に無茶しないかぎり。 |
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