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(無題) 削除/引用 No.1011-10 - 2012/10/12 (金) 21:57:47 - モモ >候補を絞れたとして、実際に当たりだったとしても、そこからシグナル伝達経路を特定するのは難しそうですね。 アレイをする前に、ここをどうするか計画を立てておいた方がよくないですか？

(無題) 削除/引用 No.1011-9 - 2012/10/12 (金) 11:03:07 - ゲジゲジ おお様、ありがとうございます。 アレイをするのにコスト面ではさほど負担にならないので、試しにやってみようと思います。その結果を解析して、また行き詰まりましたらアドバイスを頂けると幸いです。

(無題) 削除/引用 No.1011-8 - 2012/10/12 (金) 10:49:27 - おお >[Re:7] ゲジゲジさんは書きました : > すみません、みなさま。たくさんのアドバイスありがとうございます。 > 私がアレイに使用したい細胞は、細胞の種類としてはは全く同じですけど、ライン間で、とある能力が異なります。 > アレイをすれば、様々な遺伝子がひっかかってくるはずです。 そういう系では逆にほとんどの遺伝子が動いてないように見える可能性もあります。 一度比較して考えてみる余裕があるなら、様子見にやってみても良いのではないでしょうか。 刺激にリスポンスする遺伝子の挙動の違いもシグナルの違いを反映しているかもしれませんね。

(無題) 削除/引用 No.1011-7 - 2012/10/12 (金) 10:36:46 - ゲジゲジ すみません、みなさま。たくさんのアドバイスありがとうございます。 私がアレイに使用したい細胞は、細胞の種類としてはは全く同じですけど、ライン間で、とある能力が異なります。 その能力を左右する遺伝子が知りたくて、網羅的に調べてみたいのです。 細胞に処置あり・なしで比較することもできます。 もちろん、そんなに簡単に候補となる遺伝子が見つかるとは思っていません。 アレイをすれば、様々な遺伝子がひっかかってくるはずです。 過去の文献も参考にして、候補が絞れたらいいなと考えているのですが。 候補を絞れたとして、実際に当たりだったとしても、そこからシグナル伝達経路を特定するのは難しそうですね。 キナーゼ活性をプロファイリングできるアレイもあるみたいですが、価格面などで手が出し辛いです。 DNAアレイは身近でできるので、価格面には問題ないです。

(無題) 削除/引用 No.1011-6 - 2012/10/12 (金) 09:41:04 - qq ＞とある細胞間 が親株と遺伝子導入株では、難しいと思います。複数株のmock-transfectantが必要な気がします。ましてや、由来の異なる細胞間で比較するのであれば、そこで何をみたいのか判らなくなりそうだなと思います。 細胞に処置あり・なしのほうが設定が楽そうです。以前のttestの話ですが、対応のある系に持ち込めそうだということです。処置が対象の細胞100%に働かないと、それはそれで難しそうです。

(無題) 削除/引用 No.1011-5 - 2012/10/12 (金) 03:51:30 - おお コントロールと対象処理というのは常套手段ですが、対象処理と反対に振れる処理で差を見ると見易いこともあります。典型的な例は過剰発言とKDで比較するとか。 指摘がありますが、タンパクの挙動は追えませんのでそこから来るアウトプットやネガティブポジティブフィードバックなどから実際のシグナルの挙動に目星をつけて解析(燐酸かとか)することになるのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.1011-4 - 2012/10/12 (金) 01:33:58 - おお マイクロアレーがポピュラーになってきていろんな人が飛びついたと思いますが、その割には出回る文献は少なカッたりという状態だったりしました。なかにはマイクロアレーをして、いかにも動きそうな遺伝子が動いたという結論だったりして、それなら最初からそういう遺伝子を調査してピックアップしてリアルタイムPCRとかしたらいいだけでなんでマイクロアレイという感じのものもあります。新規のタンパクを見つけるんだといってマイクロアレーした人もいますが、いまやシーケンスはすべて読まれてしまっている時代です(確かにDNA/RNA配列だけで機能が分かっていないものもありますが)。 くわえて、場合によってはほとんど遺伝子が動かなかったっていう結果も見たことがありそうなるといき値を下げて解析できるかもしれませんが、だんだん難しくなってきます。 最近はバイオいんフォーマティクス的なアプローチもツールが増えているので、動いた遺伝子群でどのようなカテゴリーの物が動いたか解析しやすくなり、そういったものから生物学的意義を探ることはできるようになってますので、ある意味まとめることができ投稿でき易くはなっています。なのでシグナル経路の特定は結果次第かもしれませんが探ることは可能です。 余裕があるなら、タイムコースを取る、転写因子に注目して、その上流、下流を考察してみるなど、色々ストラテジーを考えるといいかと思います。

(無題) 削除/引用 No.1011-3 - 2012/10/11 (木) 20:22:17 - 直輝 どういう解析をしたいのかはっきりしないので想像しながら回答します。 Ａ：ある細胞にある刺激を加える。 Ｂ：刺激なし（Mock) ⇒ＡとＢの遺伝子発現を比較し、刺激の伝達に関与するシグナル経路を特定したい。 上記のような解析なら、やってみる価値は十分ありますが、メカニズム解明のハードルはそれなりに高いです。 遺伝子が100個発現変動したとして、その中から本質的な遺伝子を見つけるためには工夫が必要でしょう。（コントロールをよく考えるとか、他の実験で既に半分当たりがついてるとか…） 発現変動倍率が大きい遺伝子が当たりだった場合や、100遺伝子のうち30遺伝子が〇〇パスウェイ関係だった場合などはラッキーです。 シグナル伝達経路には遺伝子発現を伴わないものも多いので、そういうパスウェイが本質だった場合は、考察が難しくなるでしょう。（リン酸化、Ｇタンパク質活性化、カスパーゼのような分解） 質問文は、とにかく発現量の違う遺伝子を何でもいいから見つけて、それがどういう遺伝子か文献調査する、という風に読めなくもなくて、単にそういうことなら簡単だと思います。

論より論文 削除/引用 No.1011-2 - 2012/10/11 (木) 19:29:52 - たろう http://scholar.google.co.jp/scholar?q=microarray+pathway&btnG=&hl=ja&as_sdt=1%2C5&as_vis=1

DNAマイクロアレイによる分子機構の解明 削除/引用 No.1011-1 - 2012/10/11 (木) 19:23:22 - ゲジゲジ 現在、DNAマイクロアレイをやってみたいと考えている者です。 だけど、実際にやったことがないので、経験者にお尋ねしたいと思いました。 DNAマイクロアレイを使って、とある細胞間で発現量に差がある遺伝子を調べてみたいと考えています。もちろんリアルタイムPCRも使って有意に差があることを調べる予定です。 最終的には、特定した遺伝子が関与するシグナル経路も特定してみたいのですが、アレイの結果を踏まえて特定することは実際にできるのでしょうか？ 素人なみの質問で申し訳ありません！

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