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リアルタイムPCRで、濃度差検討 トピック削除
No.10012-TOPIC - 2021/11/01 (月) 11:38:30 - masa
初めて質問させていただきます。

研究初心者ですが、リアルタイムPCRを用いた検討を計画しています。
指導教官よりリアルタイムPCRを用いて以下のような検討を提案されております。

・研究内容
ある組織に、試薬Aを1、10、100、1000μMと濃度をかえて負荷
それぞれの濃度におけるmRNAをリアルタイムPCRを用いて測定
試薬負荷のないコントロールも測定
コントろーつとの相対定量で一番mRNA量の多い濃度を調べる

という内容です。

皆様にお聞きしたいのは、
・リアルタイムPCRにより、複数の濃度条件での比較を行うことが可能(適切)なのか。
 (理論上はできるように思うのですが、実際に比較している文献が少なく疑問に思ってしまいました。)
・また、可能な場合ΔΔCT法での解析でよいのか

よろしくお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.10012-6 - 2021/11/01 (月) 14:55:28 - おお
違う見方をすると、至適濃度がわからないとControl と Testの二群比較はできませんよね。
また、Dose responceは作用様式を見たりする常套手段です。
他の論文でやってないという基準だけで判断するなら新しいことは何もできません。

(無題) 削除/引用
No.10012-5 - 2021/11/01 (月) 12:28:34 - AA
>>コントロールとサンプルの2群比較
コントロールはリアルタイムPCRだろうがなんだろうがきちんと置きます。
溶媒群(濃度0群)、濃度10群、濃度100群、濃度1000群・・・
大抵の論文ではというふうに横軸に群がならび、縦軸にexpression levelが示された棒グラフを見かけるんじゃないでしょうか

お礼 削除/引用
No.10012-4 - 2021/11/01 (月) 12:20:12 - masa
ご回答いただきありがとうございます。

特定遺伝子のmRNAの発現についての検討です。

当該分野の先行研究ではいずれも、コントロールとサンプルの2群比較が行われており不安に思い質問させていただきました。

(無題) 削除/引用
No.10012-3 - 2021/11/01 (月) 11:52:25 - q
特定の遺伝子発現の変化なら結構あると思うですが,mRNA量というのはトータルの話ではないですよね?

また,条件を満たせばΔΔCT法でよいと思います.

(無題) 削除/引用
No.10012-2 - 2021/11/01 (月) 11:50:28 - G25
>れぞれの濃度におけるmRNAをリアルタイムPCRを用いて測定

当然、標的とするmRNAは特定の遺伝子のものですよね?
その遺伝子以外に内部標準となる適当な遺伝子のmRNAの測定も行って、standardizeしたうえで、処理群間の比較をするってのはごく普通の戦術だと思いますけど(もちろん、その方法が適切かどうか議論の余地はあるにしても)。文献が少ないというからには、なにか特殊なプロトコールなのかしら。

リアルタイムPCRで、濃度差検討 削除/引用
No.10012-1 - 2021/11/01 (月) 11:38:30 - masa
初めて質問させていただきます。

研究初心者ですが、リアルタイムPCRを用いた検討を計画しています。
指導教官よりリアルタイムPCRを用いて以下のような検討を提案されております。

・研究内容
ある組織に、試薬Aを1、10、100、1000μMと濃度をかえて負荷
それぞれの濃度におけるmRNAをリアルタイムPCRを用いて測定
試薬負荷のないコントロールも測定
コントろーつとの相対定量で一番mRNA量の多い濃度を調べる

という内容です。

皆様にお聞きしたいのは、
・リアルタイムPCRにより、複数の濃度条件での比較を行うことが可能(適切)なのか。
 (理論上はできるように思うのですが、実際に比較している文献が少なく疑問に思ってしまいました。)
・また、可能な場合ΔΔCT法での解析でよいのか

よろしくお願いいたします。

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