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(無題) 削除/引用 No.10008-6 - 2021/10/30 (土) 21:31:55 - s RNA-seqならRaNA-seqに投げておけば、みたいな話もありましたけど、あれは実際どうなんでしょうか。

ＰＳ 削除/引用 No.10008-5 - 2021/10/30 (土) 15:50:48 - toto もちろん解析はLinuxでなくてMacでもいいです。高いだけ。

(無題) 削除/引用 No.10008-4 - 2021/10/30 (土) 14:53:06 - toto もともとどんなものすごいことでも誰かが一人ではじめてるわけで、とくに今は、外注しなくてもその気になれば自分でできますよ。 nanoporeを使えばNGSもかなり安くできて、FlongleのStarter packがたしか18万くらいです。サンプル処理には、Kitがいろいろ出てます。8万くらいかな。解析はLinuxを用意すればいいので、ラボになくても、パソコンに詳しい人に聞けば良いし。自分で作ればGPU次第ですが、10〜20万くらいでできます。 本では、次世代シークエンサー、DRY解析教本、あるいはNanoporeではとくに、この前出た、実験医学別冊のロングリードWET&DRY解析ガイド、あたりがお勧めです。初心者でもできるように書いてあるし、不明点はネットで調べれば大抵解決できます。 今はラボにないのなら、ボスと話して立ち上げることができれば感謝されるし、将来的にも評価されて役に立つと思います。

(無題) 削除/引用 No.10008-3 - 2021/10/30 (土) 12:23:04 - TS まぁ自分で考えて勉強されているようですし、最終的には指導教員との相談になるのでしょう。 実験系がざっくりしてて答えにくいところもあるのですが、 オーソドックスにトランスクリプトーム（mRNA)発現解析で発現差を比較するのが良いのではないでしょうか。 キャンペーンとかうまく見つければ解析込みで5万/サンプルくらいで見つかるかもしれません。学内にインフォマティシャンがいるなら、共同研究でDryの解析をお願いできれば、もっと安くできるでしょう。 まぁ何でもかんでも自分でできないといけない時代ではないと思いますので、原理などをきちんと理解して、他の研究者と組むことも大事かと思います。 いずれにしても指導教員ともっとコミュニケーションをとってよいと思います。

(無題) 削除/引用 No.10008-2 - 2021/10/30 (土) 12:00:53 - 生化学 ゼロ回答で申し訳ありません。初めに謝っておきます。 あなたの環境だと NGS やらない方が良いです。サンプル調整法も、解析法も、解析したデータの使い方も、何も知らない「素人」が自分（たち）だけでやろうとしているのですよね？莫大なお金と時間を無駄にし、嘘か本当かわからないデータが大量に出てきて呆然としますよ。嘘か本当かわからない論文でだまくらかして学位を取るというのなら何も言いませんが。。

初めての次世代シークエンス解析 削除/引用 No.10008-1 - 2021/10/29 (金) 14:44:44 - にしおし いつもお世話になっております。 次世代シークエンス解析について御意見いただけたらと思います。 先日、ある薬物の副作用に関わる遺伝子を見つけてほしいと言われました。 どこを標的にしているかさっぱり分からない状態で、解析法を調べていく中で次世代シークエンス解析というものがあると知りました。 これなら影響がある遺伝子を網羅的に特定できるのでは？と思いましたが、様々な方法がある上に、受託の場合は業者間で細かく条件が違っているようです。 資金もほぼないので、解析を乱発することもできません。 そこで質問なのですが、比較的安価に開始でき、薬物投与の影響を解析するのに適した次世代シークエンス解析となると何になるのでしょうか？ ご意見いただけると幸いです。 よろしくお願いします。

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