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FCMの４分割リージョンについて トピック削除
No.985-TOPIC - 2011/09/28 (水) 07:21:24 - kishi
いつも勉強させていただいております。

FCMで２重染色された細胞を解析する際に４分割リージョンを用いますが、このリージョンの設定方法について御教示ください。

以前はIsotypeコントロールで検出された細胞集団の端がリージョンの境となるように設定していたのですが、論文によってはコントロール集団から離れた位置にリージョンの境界を設定して、サンプル集団を（半ば強引と思われる位置で）４分割しているものを見かけます。

ここで質問なのですが、正しいリージョン設定はどのように行うべきなのでしょうか？基本的な質問で恥ずかしいのですが、御指導の程宜しくお願い致します。
　
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(無題) 削除/引用
No.985-6 - 2011/10/08 (土) 08:36:09 - ki
4分割にこだわらなければ、自動？でグループ分けするようなプログラムを作っている人たちもいるようですね。例えば、PMID:20932336とか。

投稿者です 削除/引用
No.985-5 - 2011/10/01 (土) 12:19:01 - kishi
Harmonia様、御意見ありがとうございます。
感覚的という表現は、私もおそらくそうなのだろうと思います。
しかし、FCMは本当に目的のタンパクを見ているのか不明な手技の１つだとも思っており（ウェスタンのように分子量を指標にできるわけでもなく、抗体によってはウェスタンで使用するとノンスペのバンドが多く出るものもあります）、だからこそリージョンが主観的にかけられてはならないと思ってしまいます。そういう目で読むと怪しい論文もいくつか見受けられます（癌幹細胞マーカーを用いて細胞株をFCMで解析している論文などは、再現性の無いものも多数あると実感しております）。
いずれにしても、リージョン設定に関して的確な回答を得られないのも、そういうことなのかなと思わされてしまいます。

(無題) 削除/引用
No.985-4 - 2011/10/01 (土) 09:04:09 - Harmonia
近くのラボに、細胞分化をやっている方がいて、かつてしつもんしたのですけど、感覚的なやり方のようです。

理想的には、（下記のカッコ内はあるいはと読んでください）
ネガコン（ポジコン）が95%（99.9%とか90%）含まれる（除外される）領域をX軸とY軸それぞれに方向に設定して閾値の検量線とし、実験区を当てはめ、それぞれの区画に入る割合を算出する。
であろうかと思います。
でも、実際には斜めの線も論文には載っているので、どういう基準か良く分かりません。

同じデータを別の研究者が解析しても同じ結果になるように、線の引き方を明示しておくべきです。

投稿者です 削除/引用
No.985-3 - 2011/09/28 (水) 12:13:53 - kishi
リージョンで分けた分画の細胞の割合が、何らかの細胞刺激の前後で変化したという実験をよく論文で読みますが、たまに思うことは『リージョンが少しズレると結果はネガティブでは・・』ということです。しかも、Isotypeコントロールの結果を載せていないものや、明らかにコントロールから離れた位置にリージョン設定してpositiveな結果を提示しているものも見られます。また、リージョン設定に関して本文中で触れていないものも少なくありません。そうなってくると、リージョンの正しいかけ方は・・と思っておりました。

ずれることもあるので 削除/引用
No.985-2 - 2011/09/28 (水) 10:38:50 - ema
抗体の光強度等の問題でずれる事もあるので論文の方は強引にずらしてしまってるのかもしれません。
自分が使っている材料によっては、4分割でDoubleNegative（DN)、SP２種、DPがきれいに取れない事もあるのでその時はゲートリージョン(自分で囲って）の方で４種を示してます。

FCMの４分割リージョンについて 削除/引用
No.985-1 - 2011/09/28 (水) 07:21:24 - kishi
いつも勉強させていただいております。

FCMで２重染色された細胞を解析する際に４分割リージョンを用いますが、このリージョンの設定方法について御教示ください。

以前はIsotypeコントロールで検出された細胞集団の端がリージョンの境となるように設定していたのですが、論文によってはコントロール集団から離れた位置にリージョンの境界を設定して、サンプル集団を（半ば強引と思われる位置で）４分割しているものを見かけます。

ここで質問なのですが、正しいリージョン設定はどのように行うべきなのでしょうか？基本的な質問で恥ずかしいのですが、御指導の程宜しくお願い致します。
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