Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

最新のフォーラム | このフォーラム | ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

REAL TIME PCR 助けて下さい トピック削除
No.95-TOPIC - 2011/03/02 (水) 19:29:58 - MOMO
Taq man プローブを用いた、Real Time PCRを実施していますが、最近突然、蛍光が増幅されなくなりました。全く増えないこともないのですが、過去と比較して、増幅が明らかに低下しています。

同じ配列のプローブ、プライマー(Lotは数種類)を使用して、PCRを過去2〜3年の間に50回程度実施しましたが、そういった増幅されないことは一度もありませんでした。本PCRは文献に数多く報告されている方法です。

PCRに用いる水、酵素溶液(2×PCR mix メーカー:ABI)、TE、チューブ、ピペットチップ(全てDNase free)など新しく変えて実施しましたが、全く改善されませんでした。
プローブ、プライマーについては1月前に購入したばかりで、メーカーに確認したところ、劣化の可能性は低いということを言われました。プラスミドにある遺伝子配列(約80bp)を組みこんだものから、ある遺伝子のみ増幅しています。プラスミド(+ある遺伝子80bp)も新しくメーカーにクローニングを依頼し購入し、配列確認もしてもらっています。

過去50回程度してきて、うまく増幅しなかったことはありませんでした。
念のため、サーマルサイクラーのハロゲンランプを交換し、本体に異常がないかメーカーに修理を依頼し、異常ないことが分かっています。

そのほかに考えられる、うまく増幅しない原因は何か考えられるでしょうか?かなりいろいろ検討してみましたが、全く改善されませんでした。
何でも考えられそうな原因があればお願いします。非常に困っています。
よろしくお願いいたします。
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



6件 ( 1 〜 6 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.95-7 - 2011/03/03 (木) 17:16:17 - MOMO
皆様ありがとうございます。

nnnさん:
アガロース電気泳動でバンドを確認しましたが、やはりバンドは見えていませんでした。プライマー、プローブをかえてみることを考えてみます。ただ、このプライマーLotの一つ前に購入したプライマーで、以前PCRを実施した時は増幅されていましたが、一つ前のLotのプライマーで最近PCRを行っても全く増幅されない結果となっています。一つ前のLotのプライマーも劣化してしまった可能性も考えられると思いますが、何か根本的におかしいところがあるような気がしてなりません。抽象的で申しわけありません。
機器は、サイバーグリーンで別の遺伝子を増幅させたら問題なく反応し増幅されていましたので、問題はないのかなと思っております。

pさん:
サイバーグリーンで別の遺伝子を増幅させてみてら、問題なく反応し増幅されました。プラスミドについてですが、プラスミドに80bpの配列を組み込んだものを大腸菌に導入し、増幅させたものなので、純粋なプラスミド(+80bp)DNAです。プラスミドが劣化している可能性もあると思いますので、電気泳動で確認してみます。

ンンノさん:
一応、プローブは遮光に気を使い、蛍光灯の光にあったていたとしてもPCR master mix 溶液を調製し、分注した20分ぐらいであると思います。なのでおそらく大丈夫なのかと思ってはいます。

ハイジさん:
プライマーもABIからプローブとセットで購入しております。増幅しなくなってから、確かにプライマーのLotは変わっております。ただ、ややこしい話で申し訳ありませんが、このプライマーLotの一つ前に購入したプライマーで、以前PCRを実施した時は増幅されていましたが、一つ前のLotのプライマーで最近PCRを行っても全く増幅されない結果となっています。一つ前のLotのプライマーも劣化してしまった可能性も考えられると思いますが、それ以上に根本的に何かおかしいことがあるような気がしてなりません。抽象的で申し訳ありません。

皆様、状況を随時連絡するようにします。よろしくおねがいします。

Lot間差では? 削除/引用
No.95-6 - 2011/03/03 (木) 10:23:03 - ハイジ
増幅する時としなくなってからのプライマーのLotが違ったりしませんか?同じ配列でも時々増幅効率が落ちることがあります.プライマーもApplied製品ですか?

(無題) 削除/引用
No.95-4 - 2011/03/03 (木) 10:10:24 - ンンノ
TaqManプローブは蛍光灯の明かりでも状況によっては2〜3時間で退色します
が、そこらへんは大丈夫でしょうか。

(無題) 削除/引用
No.95-3 - 2011/03/03 (木) 01:58:49 - p
プラスミドに組み込んだ80bpの配列だけが増えないのか、全ての遺伝子(違うプローブやプライマーのセット)で増えないのかで状況は違ってくると思います。
同じ配列しかやっていないのであれば、他の遺伝子もやってみれば、試薬や機器の不調かがわかるはずです。

よくわからなかったのですが、プラスミドに組み込んだある遺伝子(80 bp)近辺を増幅している、ということですが、テンプレートはプラスミドだけですか?
それとも、そのプラスミドを組み込んだ細胞のgenomic DNAとかでしょうか?

なんとなく、テンプレートの問題の気がします。
プラスミドであれば劣化する可能性があるので、一度電気泳動で確認するとか、新しく精製し直すとよいかもしれません。
細胞や組織サンプルなら、他のプローブセットで確認してもよいのではないでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.95-2 - 2011/03/02 (水) 23:35:40 - nnn
>プローブ、プライマーについては1月前に購入したばかりで、
>メーカーに確認したところ、劣化の可能性は低いということを言われました。

可能性は低いけど、0ではないという事ですね。
(もちろん普通に使えば1ヶ月なんて大丈夫ですが。)
劣化ではなくて、PCRを阻害するものが間違って混入した、と考えられます。

>蛍光が増幅されなくなりました。
qPCRを行った後、アガロース電気泳動によりPCR産物の確認をしているでしょうか?
なにもバンドが見えない場合、まずはプライマーを疑い
プライマーを新しくしてもだめなら、プローブも新しくする。

PCR産物があるけどqPCR機器で検出できない場合、
(qPCR機器が壊れていないとすると、)プローブを疑いますね。


機器の方では、
パソコン上の、蛍光キャリブレーションファイルが壊れてしまっているとか、
PCRブロックの温度変化がちゃんと行われていないとか。
ただ、検査には出して、大丈夫だったのですよね...。

REAL TIME PCR 助けて下さい 削除/引用
No.95-1 - 2011/03/02 (水) 19:29:58 - MOMO
Taq man プローブを用いた、Real Time PCRを実施していますが、最近突然、蛍光が増幅されなくなりました。全く増えないこともないのですが、過去と比較して、増幅が明らかに低下しています。

同じ配列のプローブ、プライマー(Lotは数種類)を使用して、PCRを過去2〜3年の間に50回程度実施しましたが、そういった増幅されないことは一度もありませんでした。本PCRは文献に数多く報告されている方法です。

PCRに用いる水、酵素溶液(2×PCR mix メーカー:ABI)、TE、チューブ、ピペットチップ(全てDNase free)など新しく変えて実施しましたが、全く改善されませんでした。
プローブ、プライマーについては1月前に購入したばかりで、メーカーに確認したところ、劣化の可能性は低いということを言われました。プラスミドにある遺伝子配列(約80bp)を組みこんだものから、ある遺伝子のみ増幅しています。プラスミド(+ある遺伝子80bp)も新しくメーカーにクローニングを依頼し購入し、配列確認もしてもらっています。

過去50回程度してきて、うまく増幅しなかったことはありませんでした。
念のため、サーマルサイクラーのハロゲンランプを交換し、本体に異常がないかメーカーに修理を依頼し、異常ないことが分かっています。

そのほかに考えられる、うまく増幅しない原因は何か考えられるでしょうか?かなりいろいろ検討してみましたが、全く改善されませんでした。
何でも考えられそうな原因があればお願いします。非常に困っています。
よろしくお願いいたします。

6件 ( 1 〜 6 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。