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タンパク合成 トピック削除
No.921-TOPIC - 2011/09/14 (水) 16:59:40 - 発現
培地・培養条件によって細菌が合成するタンパク質の違いについて解析しようとしています。
その方法として以下に示す2つの方法を考えたのですが、それぞれのメリット・デメリット、または方法の使い分けに関して教えていただきたく思います。

方法1:
それぞれの培地・培養条件で培養した菌体を集菌し、タンパクを調製。調製したタンパクをSDS−PAGEで泳動し、CBB染色、得られたバンドの濃淡を画像解析し、タンパクを定量。

方法2:
それぞれの培地・培養条件で培養した菌体を集菌しRT−PCRを行う。えられたDNAを泳動し、エチブロでバンドを確認。得られたバンドの強度を画像解析し、発現量を確認。
 
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(無題) 削除/引用
No.921-6 - 2011/09/14 (水) 23:25:21 - あ
SILAC

(無題) 削除/引用
No.921-5 - 2011/09/14 (水) 20:39:45 - Harmonia
方法を考えたのはトピ主さんですよね?
だったら、自分がどういうメリット・デメリットを考えていて、
それについてどうかと聞いたほうが良いのじゃない?

で、何に対してのメリット・デメリットを応えて欲しがっている?

やりたいことが明確なら、方法は後からついてくる。
自分で方法が分からなくても、誰かが考えつく。

細菌が合成するタンパク質の違い、って、
「合成する」のは、転写レベルからか翻訳レベルからか。合成してたまったものか、新規合成のみか?
「タンパク質」は特定のものに注目するのか、注目すべきを探したのか?
「違いは」何と何を比べたいのか?

質問からはやりたいことが見えてこない。

(無題) 削除/引用
No.921-4 - 2011/09/14 (水) 18:01:08 - AP
二者のうちどちらかを選べというなら前者。
でもどうせやるなら二次元電気泳動。

(無題) 削除/引用
No.921-3 - 2011/09/14 (水) 17:16:38 - ttt
こんなにも違うんだ、というのを示したいわけで、直接タンパク質を示さなくてもいいんですよね?

まぁ1の方が簡単だと思います。そんなに差が出るのか分かりませんが。

比較したいのは何ですか? 削除/引用
No.921-2 - 2011/09/14 (水) 17:10:30 - ~
>タンパク質の違い
特定のタンパク質の量の違いの比較が目的であって、修飾等の違いは考慮しないということでいいのでしょうか?

メリット・デメリット以前に、方法2ではタンパク質量が測定できません。

もう一度、目的を確認されてはいかがでしょうか。
その上で、目的に合った方法を調べましょう。

タンパク合成 削除/引用
No.921-1 - 2011/09/14 (水) 16:59:40 - 発現
培地・培養条件によって細菌が合成するタンパク質の違いについて解析しようとしています。
その方法として以下に示す2つの方法を考えたのですが、それぞれのメリット・デメリット、または方法の使い分けに関して教えていただきたく思います。

方法1:
それぞれの培地・培養条件で培養した菌体を集菌し、タンパクを調製。調製したタンパクをSDS−PAGEで泳動し、CBB染色、得られたバンドの濃淡を画像解析し、タンパクを定量。

方法2:
それぞれの培地・培養条件で培養した菌体を集菌しRT−PCRを行う。えられたDNAを泳動し、エチブロでバンドを確認。得られたバンドの強度を画像解析し、発現量を確認。

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