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(無題) 削除/引用 No.915-2 - 2011/09/14 (水) 00:24:59 - dlp RiceGAAS: Rice Genome Automated Annotation System http://ricegaas.dna.affrc.go.jp/ では、 coding region prediction programs ( GENSCAN, RiceHMM, FGENESH, MZEF ), splice site prediction programs ( SplicePredictor ), homology search analysis programs ( Blast, HMMER, ProfileScan, MOTIF ), tRNA gene prediction program ( tRNAscan-SE ), repetitive DNA analysis programs ( RepeatMasker, Printrepeats ), signal scan search program ( Signal Scan ), protein localization site prediction program ( PSORT ), and program of classification and secondary structure prediction of membrane proteins ( SOSUI ) が同時に解析できます。イネ用と銘打っていますが、当然他の生物にも使えます > Analyses for Your Genomic Sequences ただし、9月30日までは節電対策の影響でカスタム配列は受け付けていないようですので、必要なプログラムを単品で使用するしかなさそうです。

スプライシングサイトの予測について 削除/引用 No.915-1 - 2011/09/13 (火) 14:07:47 - ゲノム解析初心者 いつも参考にさせてもらっております。 私は珍しい疾患の遺伝子変異検索を行っています。 先日、特定のcDNAのイントロン・エクソンにまたがる部分に、13塩基の欠損がある変異を発見しました。 ボスに報告したところ、まずコンピューターの予測ソフトで、どんなmRNAができそうか予測してみるように言われました。 しかし私はそのようなソフトは使用経験がなく、信頼性が高いものがすぐに分かりません。 そこで、ゲノム解析初心者でも使いやすいソフトを御存じの方がいたら、具体的に教えていただけないでしょうか？ よろしくお願いいたします。

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