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SNP検出PCR トピック削除
No.844-TOPIC - 2011/08/29 (月) 10:30:37 - まる
10品種を識別するマーカーを作りたいと思っています。
SNPをPCRで検出するつもりです。
変異部分を挟むようにプライマーを設計し、3'側のプライマーは正常塩基配列に相当する配列、5'側のプライマーは変異塩基配列に相当する塩基が3'末端にくるように設計しようと思っています。そして、PCR後の電気泳動のバンドの有無でSNP検出をするつもりです。
これを配列上のいくつかのSNPについて行って、電気泳動のバンドの有無で10品種を識別できないかと考えているのですが・・・
理論的にはうまくいきそうな気がするのですが、現実的にPCR条件などを確立するのがものすごく大変なのではないかと思っています。
SNP検出経験がある方、アドバイスをいただけないでしょうか。
　
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(無題) 削除/引用
No.844-2 - 2011/08/30 (火) 22:00:03 - アロエ
アプライドのTaqMan SNP Genotyping Assaysを利用してみてはいかがでしょうか？

http://www.appliedbiosystems.jp/website/jp/product/modelpage.jsp?MODELCD=85363

SNP検出PCR 削除/引用
No.844-1 - 2011/08/29 (月) 10:30:37 - まる
10品種を識別するマーカーを作りたいと思っています。
SNPをPCRで検出するつもりです。
変異部分を挟むようにプライマーを設計し、3'側のプライマーは正常塩基配列に相当する配列、5'側のプライマーは変異塩基配列に相当する塩基が3'末端にくるように設計しようと思っています。そして、PCR後の電気泳動のバンドの有無でSNP検出をするつもりです。
これを配列上のいくつかのSNPについて行って、電気泳動のバンドの有無で10品種を識別できないかと考えているのですが・・・
理論的にはうまくいきそうな気がするのですが、現実的にPCR条件などを確立するのがものすごく大変なのではないかと思っています。
SNP検出経験がある方、アドバイスをいただけないでしょうか。
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