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系統樹 トピック削除
No.807-TOPIC - 2011/08/21 (日) 22:19:42 - TH
系統樹の作成について最近勉強し始めたものです。

ぜひ教えていただきたいのですが、

単純に10種類の相同的な遺伝子のアミノ酸配列をもとに
系統樹を作成したいという場合、
有根系統樹をUPGMA法で作成するのはおかしいでしょうか?

共通祖先を考えないならば無根系統樹になるかと思いますが、、
どのように作成するのが適当なのでしょうか?

分かりやすく教えていただければ助かります。

どうぞ宜しくお願い致します。
 
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(無題) 削除/引用
No.807-3 - 2011/08/26 (金) 16:15:25 - TH
ありがとうございます。

UPGMAとNJはどのように使い分けるのでしょうか?
アミノ酸配列の相同性にもとづく系統樹ならば、根はないほうが
よいのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.807-2 - 2011/08/25 (木) 07:00:09 - t
参考になるかなぁ
http://isw3.naist.jp/IS/Kawabata-lab/LECDOC_KINDAI/2009/phylo_09May12.pdf

系統樹 削除/引用
No.807-1 - 2011/08/21 (日) 22:19:42 - TH
系統樹の作成について最近勉強し始めたものです。

ぜひ教えていただきたいのですが、

単純に10種類の相同的な遺伝子のアミノ酸配列をもとに
系統樹を作成したいという場合、
有根系統樹をUPGMA法で作成するのはおかしいでしょうか?

共通祖先を考えないならば無根系統樹になるかと思いますが、、
どのように作成するのが適当なのでしょうか?

分かりやすく教えていただければ助かります。

どうぞ宜しくお願い致します。

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