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(無題) 削除/引用 No.713-8 - 2011/07/27 (水) 15:45:13 - sai 通常のsequenceはrun開始前にポリマーを自動的に充填しています。 今回の「ポリマーをキャピラリーに充填することで、改善される場合があります。」 と言うのは、sequence前の充填ではなく、手動コントロールで充填することで キャピラリー内をポリマーで洗いましょう、と言う意味です。 恐らく共通機器として使っているため、1runいくら、という規定があると思います。 この1runいくら、は1run分のポリマーの値段＋1run分のキャピラリーの値段に 相当していると思います。 そのため手動コントロールでポリマーを充填することは、色々な意味で 難しいかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.713-7 - 2011/07/27 (水) 13:25:18 - おお >[Re:6] 蒼いさんは書きました : > ご回答ありがとうございます > > おおさん > シーケンス反応が終わったあとはカラムで精製を行っていました。きれいに除かれていなかったのですかね 除かれないケースはまあまあありシーケンスのはじめの方ともしかしたら真ん中へん200ぐらい(だったかなぁ)に乱れがきたりします。決まった位置に出るのでわかり易いです。

(無題) 削除/引用 No.713-6 - 2011/07/27 (水) 13:06:06 - 蒼い ご回答ありがとうございます おおさん シーケンス反応が終わったあとはカラムで精製を行っていました。きれいに除かれていなかったのですかね asdfさんand saiさん そうですね、そんな感じでした。 気泡はなさそうでしたが。。。 今回は２runでした。たしか乱れが出たのは同じキャピラリーでした（全部ではありませんが） ポリマーの充填ですね、分かりました、やってみます。 ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.713-5 - 2011/07/27 (水) 11:18:02 - sai 波形に乱れが生じていたのは、16本の中の同じキャピラリーですか？ そのキャピラリーは何run使っていますか？ run数が多い場合、同じキャピラリーで乱れが生じることがあります（経験的に）。 ポリマーをキャピラリーに充填することで、改善される場合があります。

(無題) 削除/引用 No.713-4 - 2011/07/27 (水) 10:58:18 - asdf 下記リンク先にあるような「スパイクノイズ」のような感じでしょうか？ http://www3.invitrogen.jp/form/FAQab/qa.php?idx1_no=15&idx2_no=8&page_no=5#Q45 http://www3.invitrogen.jp/form/FAQab/qa.php?idx1_no=15&idx2_no=8&page_no=5#Q46 当方でもこのような「スパイクノイズ」に見舞われることがしばしばありますが、ポリマーを交換しても解決せず、また見た限りではラインにはっきりとした気泡が認められることもありませんでした。 同じサンプルでも泳動するたびに出たり出なかったり、出たとしても違う場所に出たりするので、大事な部分にかかってしまった場合には泳動しなおしてしのいでます。 根本的な解決策があるのなら私も知りたいです。

(無題) 削除/引用 No.713-3 - 2011/07/26 (火) 20:57:33 - おお フリーのダイが残っているのでは。

(無題) 削除/引用 No.713-2 - 2011/07/26 (火) 11:15:17 - Ｃ２４ シーケンスキットのマニュアルに答え、対処方法が書かれていますよ。

シーケースの乱れ 削除/引用 No.713-1 - 2011/07/25 (月) 22:57:53 - 蒼い ABIの3100を使ってシーケンスしたのですが、32個のサンプルのうち半分くらいで、70-80bp付近で波形に乱れが生じました（その以降の配列はちゃんとよめています） 使っていたテンプレートはそれぞれ違っていて、プライマーも違うものを使いました。 そしてその後、ラボの別の人のサンプルでも同じことが起きてました。 今回はそこの10bpくらいの配列がそんなに大事ではなく実験結果に特に支障を来してはいなかったのですが、なぜそうなったのか理由がわかりません。シーケンサーは毎週専門の人がメンテナンスをしていてくれていますので、機械の調子は良かったと思われますが、ほかに何か考えられますか？ 教えてください。よろしくお願い致します。

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