Realtime PCR について質問させてください。
今度、実験で、うちの研究室で普段みない一群の遺伝子の発現
(マウスのオートファジー関連の遺伝子発現)をみることになりました。
普段は、Taqmanを使って、Realtime PCR をしているんですが、
ちょっと、オートファジー関連でそろえられるほど予算がしばらくありません。
同じ、Applied Biosystemsの SYBR Greenで
Realtime PCRを行おうと考えていますが、
なかなか、都合よくApplied Biosystemsの SYBR Green で
オートファジー関連遺伝子をみた論文がでてきません。
どうも、SYBR Greenというのはいろいろなメーカーから発売されているようで、
別のメーカーのものなら、いくつか見つかりました。
たとえば、
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/mrd.21331/full
で、
Table1に配列と、アニーリング温度が記載されていますが、
METHODSのReal-Time RT-PCR のところには、
Instrumentは DNA Engine OPTICON 2 instrument
試薬は、qPCR kit: Finnzyes, Espoo, Finland
条件は：
PCR conditions were as follows : 10min at 94℃, followed by 39 cycles of 30sec at 94℃, 30sec at 55 or 60℃, 55sec at 72℃, and a final extension of 5min at 72℃
という報告があります。
Applied BiosystemsのSYBR Greenは基本、95℃、60℃の2Stepですので、
おおよその温度は同じくらいのようです。
場合によるとは思いますが、このプライマーセットを買って
Applied Biosystemsの試薬、機械でやってみる価値あるでしょうか。
別のメーカの試薬･機械で、同じプライマーセットで、Realtime PCRに
成功した経験などおありでしたらおしえていただけますでしょうか。
( 自分で設計するのは敷居が高そうなので、まずは既報のものを使おうと考えています。 ）
よろしくお願いします
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