KEGG PATHWAYの使い方でわからない点を教えてほしくて質問させていただきます。
いずれかに対する回答でも構いません。
まず、見たい代謝マップをKEGG PATHWAYのトップページにおいて、選択します。
たとえば、
1.Metabolism→1.1Carbohydrate metabolism→Inositol phosphate metabolism
でマップを表示したとします。
ここで、表示にあたって「Reference pathway」のバーから、「Reference pathway(EC)」（EC番号へのリンク）や「Reference pathway（KO)」（オーソログエントリーのリンク）など選ぶことができます。
質問１）ここで「Reference pathway（KO)」を選択し、オーソログエントリーのリンクを表示した場合、いくつか色づけされていないボックスがあります。「KEGG PATHWAY利用法」には「酵素によってはオーソログが定義できないものがある」とありますが、これはどういった意味でしょうか？オーソログの意味はなんとなく理解してあるのですが・・・
質問２）上記のバーから生物種を選択すると、生物種を限定して、その生物種内ですでにエントリーされてある酵素のみを色づけすることが可能となります。ここで、ひとつの酵素に対して、複数の遺伝子が表示される場合について教えていただきたいのですが、たとえば酵素Aに対してaとbの遺伝子が表示されるということは、aとｂが合わさってAの機能をなすということですか？それともaもｂもそれぞれAの役割をはたすことができるということでしょうか？
めんどくさい質問だと思いますが教えてください。よろしくお願いしますm(_ _)m
ps : yahoo知恵袋でも質問させていただいたのですが、内容が専門的すぎかと思い、こちらでも質問させていただきました。不適切ならばご指摘ください。 |
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