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リアルタイムPCRとRT-PCRの感度 トピック削除
No.64-TOPIC - 2011/02/23 (水) 17:20:25 - SKK
リアルタイムPCRに関して質問です。
RT-PCRにて全く検出できないサンプルが、リアルタイムPCRを行うとCt値は非常に高いものの数値が出てきます。この結果はRT-PCRよりもリアルタイムPCRの方が感度が高いということなのでしょうか。
お教え頂ければと思います。
宜しくお願いします。
 
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No.64-7 - 2011/02/27 (日) 23:39:42 - こうじ
二つのPCRでは試薬など反応条件が違うため
増える/増えないことはあると思います。
リアルタイムPCRの産物のDNA配列を読むことで確信が持てると思います。

(無題) 削除/引用
No.64-6 - 2011/02/25 (金) 10:27:57 - SKK
皆さん、ありがとうございました。primerは同じモノを使用しており、intronを挟むように作製しております。ただ、確かにPCR条件は違いますし、非特異反応によるものの可能性が高いですね。in situさんが言われていたようにdegeneration curveをみると、確かに目的産物ではないような気がします。一度、realtime反応後のサンプルを泳動してみようと思います。参考になりました。

(無題) 削除/引用
No.64-5 - 2011/02/23 (水) 23:46:20 - in situ
まず、RT-PCRのプライマーはqPCRのものと同一のものなのでしょうか?

違うプライマーを使っている場合、一般的にRT-PCRの方が長い領域を増幅させることが多いので、PCRがかかりにくいことが多いです。

これは、感度云々の話ではなく、PCRの条件が悪いだけです。

そもそも、RT-PCRはバンドが出るサイクル数でやっているはずで、バンドが出なければ40サイクルくらいまではサイクル数を増やすでしょうから、感度としてはqPCRとそれほど違わないはずです。

同じプライマーを用いているのにqPCRだけでシグナルがでない、という場合ですが、そのシグナルは非特異的な産物もしくはプライマーダイマーである可能性があります。

degeneration curveを見れば産物の特異性はある程度わかりますが、見ていますか?

(無題) 削除/引用
No.64-4 - 2011/02/23 (水) 23:24:44 - ンンノ
ご相談のような理由でそういう結果になることはありえますが、本当にそうか
どうかはみなさんのおっしゃるようなことがあります。

それ 削除/引用
No.64-3 - 2011/02/23 (水) 21:50:42 - ami2
なんか違うもの検出してるんじゃないでしょうか。Ct値はどれくらいでしょうか。。たぶん違うものだとは思いますけど、、

(無題) 削除/引用
No.64-2 - 2011/02/23 (水) 18:52:21 - Boston-Pullman
>[Re:1] SKKさんは書きました :
> リアルタイムPCRに関して質問です。
> RT-PCRにて全く検出できないサンプルが、リアルタイムPCRを行うとCt値は非常に高いものの数値が出てきます。

それが目的とする遺伝子のものである証明はどのようにされていますか?同じ配列のプライマーですか?エクソンーイントロン構造を考慮してプライマーをデザインしていますか?

リアルタイムPCRとRT-PCRの感度 削除/引用
No.64-1 - 2011/02/23 (水) 17:20:25 - SKK
リアルタイムPCRに関して質問です。
RT-PCRにて全く検出できないサンプルが、リアルタイムPCRを行うとCt値は非常に高いものの数値が出てきます。この結果はRT-PCRよりもリアルタイムPCRの方が感度が高いということなのでしょうか。
お教え頂ければと思います。
宜しくお願いします。

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